《2016 年并行程序设计课程上机》.pdfVIP

2015 年并行程序设计课程上机 集群登录： 曙光 4000A 集群：210.45.114.190 用户：guest 密码：guest11 因为共用一个账号，大家不要修改该密码哦。 使用 secureCRT 或者 putty 等软件并设置 SSH 协议来登录集群； 使用 secureFX 等软件并设置 SSH 协议来上传、下载你的程序； 登录集群后，即在第 100 号节点（node100 ）上，此时你可以： （1） 首次登录的话，可建立以自己学号命名的目录（mkdir SA15011xxx ），并拷贝有关的 程序到该目录下。命令示例： mkdir SA15011xxx cd SA15011xxx cp -r /home/guest/source/18-5 . (注意最后是一个点号！) 注：将 18-5 子目录下文件拷贝到自己目录下。根据你所分配的程序，选择性拷贝！ （2 ） 使用rsh node### ，登录到计算节点###上，在自己目录下编辑、运行程序。 注：###是节点号，目前集群可用节点号为 node2～6、node8～12 如果出现节点不能登录情况，可以在上述节点范围中，尝试命令 ping node### ，如 看到正常的结果，再行rsh 。为更好更快地实验，大家最好不要固定只选择某个node 。 命令示例： rsh node5 ping node10 （3 ） 编辑程序：使用命令 nano 。该命令是一个全屏幕编辑器，使用说明在（窗口）屏 幕下方可看到，简单易学！此外，vi 编辑器也是可用的。当然，你可以在你的本地 机器上编好程序再上传到你的目录下。命令示例： nano my.c （4 ） 程序编译： MPI －Demo program 放在 /home/guest/mpi_demo OpenMP －Demo program 放在 /home/guest/omp_demo 配书光盘中的 MPI 程序放在 /home/guest/source 假设： 在你目录下的 C 程序名为：my.c 生成的执行程序名为： my MPI 程序－编译： mpicc -o my my.c -lm MPI 程序－运行： mpirun -np NUM_of_Procs -machinefile ~/maa ./my 注：NUM_of_Procs 为进程数 ~/maa 是集群节点配置文件 OpenMP 程序－编译： gcc -o my -fopenmp my.c -lm OpenMP 程序－运行： export OMP_NUM_THREADS=XXX 注：XXX 为线程数（不超过 8 ） ./my MPI －OMP 程序混合编译与运行： 混合编译： mpicc -o my -fopenmp my.c -lm -O3 注： -O3 为优化开关，可以不用 混合运行： mpirun -np NUM_of_Procs -machinefile ~/maa ./my 实验内容： （1）公共部分: （a ）采用MPI_Send 和 MPI_Recv 编写代码来实现 MPI_Allgather 的功能，并写一个完整的 MPI 程序测试并对比你的实现和 MPI 原有实现的性能； （b ）针对教材中 18.5 节 LU 分解，给出采用行连续划分方式下的 MPI 实现； （c ）《并行算法实践》单元V 习题v-3 。给出FOX 矩阵相乘并行算法的 MPI 实现。 （2 ）分组实验： （a ）第一组：第 14、18 和 19 章； （b ）第二组：第 15、18 和 20 章； （c ）第三组：第 16、19 和 21 章； （d ）第四组：第 17、18 和 22 章； 要求： --MPI 实验：每组的同学严格按组内名单顺序，循环分配相应章中的算法/程序（如第一 组每位同学在第 14、18、19 章中各有一题；如在第 14 章里有三个算法，则第一组的第 一个同学选择 14.1，第一组第二位同学选择 14.2，第一组第三位同学选择 14.3，第一组第四 位同学选择 14.1，…，依此类推，循环分配。）； --MPI 与 OpenMP 混合实验：每组同学从各