基因芯片探针优及核酸杂交模拟.pdfVIP

摘 要 论文题名：基因芯片探针优化及核酸杂交模拟 研究生姓名：方辉 导师姓名：孙啸(教授) 学校名称：东南大学 基因芯片是一种微型多参数生物传感器，它通过在一个微小的固体载片表面固定大量 的核酸探针，构建一组微分析单元和系统，以实现对核酸等生物组分准确、快速、大信息 量的筛选或检测。 探针设计是基因芯片制各流程的关键环节，是其它环节的前提保证。传统的等长移位 法设计的探针，由于解链温度不一致，会导致待铡序列与探针的杂交错配。本文利用变长 变覆盖法，通过动态调节探针长度和探针覆盖长度，保证了探针解链温度的一致性。 由于芯片设计时一般要求定长的探针，而变长变覆盖法在设计定长探针时效果不是很 好。所以本文提出了设计定长探针的基于距离的优化方法，通过定义合适的距离，发现并删 除明显不一致的探针，从而设计出解链温度一致的定长探针。同时讨论了不同的距离定义对 算法性能的影响。 变长变覆盖法和基于距离的优化算法，能够在很短的时间内设计出解链温度一致的探针 集合，不过最终的优化探针集合只有一个。考虑到掩模版优化，我们又利用遗传算法设计出 一组解链温度一致的探针集合。同时讨论了不同的参数设置对算法性能的影响。 对于检溺特定基因的芯片，我们只需针对基因的特征序列设计出特异性的探针即可。在 设计出解链温度一致的探针的基础上，本文利用动态规划算法，对与探针匹配的序列进行数 据库相似性搜索，从而筛选出了特异性的探针。 在芯片设计完成以后，一般通过芯片的杂交实验来检测芯片的实际效果，但是这样成本 太高。本文利用分子动力学，尝试了核酸分子杂交过程的计算机模拟。对于两条全配单链， 变性后能复性。而当两条链有一个碱基失配时，变性后就难以复性。 上述工作都是在实验室的Linux服务器(研究生期问一直由我维护)上完成的。为了让 实验室人员能方便地设计探针，我将探针设计的程序都放到了Linux服务器上，并利用CGI 技术做成了动态网页，提供网络计算服务。 关键词：基因芯片 探针优化 动态规划 遗传算法 特征序列 分子动力学模拟 II ABSTRACT THESISTITLE：Probe ofGene andNucleic OptimizationChip AcidSimulation GRADUATESTUDENTNAME：FANGHui SUPERVISORNAME：SUN Xiao(Professor) SCHOOLNAME：Southeast University Creneisa biosensor．Itconstructsaset cells chip micro-mdti-parameters ofmicro-analysis and with acid the systemsmanynucleic fixedon surfaceofa malrix．|Sothe probes tiny biology elementssuchasnuclmcacidCallbeselectedandexamined exactlyandquicklywith large quantities． Probe is of design step itisalsothe forother