棉花分子生物学据库构建及其应用.pdfVIP

摘要 本研究以公共数据库为基础，结合棉花遗传与育种实际，构建了以核酸为主的棉 花专门化分子生物学数据库，及棉花遗传育种研究室的专业网站。基于Apache环境， 动延伸系统。从基因组水平上，对陆地棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉三个棉种的ESTs进 行了同源性分析和比较。获得主要结果如下： 花分子生物学数据库系统，包括用户登录系统、数据库查询系统和数据库管理系 引物数据库和拟南芥参照数据库。其中，棉花EST数据库的记录量超过28万条。 的本地化服务。在脱机状态下使用blast进行同源性比对，检索方式、参数选择、 对性，比对结果复杂等缺点，使棉花的数据查询和序列比对变得更加方便、快捷、 稳定和安全。 建立了核酸序列电子自动延伸系统，使棉花的ESTs得到有效、快速延伸。经过 电子延伸的序列，可用RACE技术进行验证，为获得新基因及全长cDNA序列提 供重要参考。 4．从基因组水平上，通过BLAST和GO对陆地棉、亚洲棉和雷蒙德氏棉三个棉种 的ESTs进行同源性的分析与比较，结果表明无论从GC含量、功能比较、同源 性分析方面，都表现出较高保守性。将这三个棉种的ESTs分别同水稻的蛋白库、 577 TBLASTX同源比对，得到各自的唯一序列：陆地棉为3134条，亚洲棉为l 条，雷蒙德氏棉为2508条。 关键词：棉花；分子生物学数据库；生物信息学；wwwBLAST本地化 Co“onMolecularDatabases Constructionand of Biology Application Author：ZhangRongzhi Geneticsand Major：Crop Breeding Ma Supervisor：P∞fZhiying Prof．WangXingfen Abstract tO cotton molecular actualcotton and biology According geneticsbreeding，thespecial databasesandthe websiteofcohort and labwere professional geneticsbreeding inthe werebasedonthe databasesinthe constructedLinux system，which public operation inthe environment Intemet，ThestandaloneofwwwBLASTservicewasrealizedapache and Extensionin blast soflwares，Nucleotide System Usingphrap S