蛋白质组学研究中的质谱鉴定与生物信息学分析.pdf

　棉 花 学 报 　Cotton Science 　　2008 ,20 (4) :281～288 蛋白质组学研究中的质谱鉴定与生物信息学分析 刘 　康 , 高起飞 , 万振昆, 毛婵娟 , 张天真 (南京农业大学棉花研究所 ,作物遗传与种质创新国家重点实验室 , 南京 2 10095) 摘要 : 以陆地棉 TM1 开花后 6 d 的胚珠为对照 , 比较开花后 6 、10 、14 、18 、22 d 纤维的蛋白质 组双向电泳图谱 ,从中选取了编号为 37 的差异表达的蛋白质点 。胶内胰蛋白酶酶切的多肽 , 用 AB 4700 蛋白质组学分析仪进行 MAL D ITO F/ TO F 分析 ,获得了该点内蛋白质的高品质 ( ) 肽质量指纹图谱 PM F ,从中挑出质量为 15 17 . 9 的肽离子进行串联质谱分析 ,获得碰撞后断 ( ) 裂片段离子的串联质谱 F F P 。将获得的 PM F 分别用 MA SCO T 、Pro Found 、Al dent e 和 M S Fit 等常用软件对 N CB Inr 和 U ni Prot 数据库中的绿色植物蛋 白质数据库进行搜索 , 并用 MA SCO T 搜索本地棉属 EST 数据库 。将获得的 F F P 用 MA SCO T 软件的离子搜索模式和 序列查询模式搜索数据库结合手工质谱解析推断序列 ,最后确认该蛋白质是羟 甲基转移酶 。 本文着重讨论了蛋白质组学研究中质谱分析和生物信息学软件的应用 ,评价常用蛋白质组学 PM F 检索工具及其检索结果 。 关键词 :棉花 ;胚珠 ;纤维 ;蛋白质 ;质谱 中图分类号 : S562 . 035 . 3 　　　文献标识码 :A ( ) 文章编号 2008 Mass Spectrum Identif ication and Bioinf ormatics Analysis in Proteomic Re search L IU Kang , GA O Qifei ,WAN Zhenkun ,MA O Chanj uan , ZHAN G Tianzhen ( Cot ton I ns t i t ute , N anj i ng A g ric ul t u ral Uni v ers i ty , S t ate Key L aboratory of Crop Genet ics an d Germp l as m E n h ancem ent , N anj i ng A g ricul t u ral Uni v ers i ty , N anj i ng 2 10095 , Chi n a ) Abstract :U sing ovule s of 6 day s p o st ant he si s (D PA ) of t he up lan d cot ton cultivar TM1 a s t he con t rol , we co mp ared 2dimen sional elect rop hore si s gel p rofile s of t he p rot ein s f ro m t he fiber s at 6 , 10 , 14 , 18 , and 22 D PA , and dug one of t he diff erentially exp re ssed sp ot s of N O37 to dige stingel wit h t ryp sin , and subj