结构生物信息学（structural bioinformatics）.pdf

Structural Bioinformatics  R. Sowdhamini  National Centre for Biological Sciences  Tata Institute of Fundamental Research  Bangalore, INDIA  生物秀  Prediction with inputs from  Structural Bioinformatics  Genome­wide analysis of protein families  Evolutionary relationships amongst proteins  Design of novel protein folds Design of new function to an existing  scaffold  Recent technical advances  Sensitive sequence searches: profiles and HMMs  Large scale computing in cluster environment  Successful design of novel folds and new  functions Example of recent advances: 1  Genome­wide survey  • Mechanisms of thermal adaptation revealed  from the genome of the antarctic Archaea  Methanogenium frigidum and  Methanococcoides burtonii.  Saunders et al., Genome Res 2003 (7):1580­8 Examples of recent advances: 2  Function prediction  • Using multiple sequence correlation  analysis to characterize functionally  important protein regions.  • Saraf et al., Protein Eng 2003  •  16:397­406. Examples of recent advances: 3  Protein­protein interactions  • Interrogating protein interaction networks  through structural biology.  Aloy and Russell, Proc Natl Acad Sci U S A.  2002, 99:5896­901. Examples of recent advances: 4  targets for structural genomics  • Automatic target selection for structural  genomics on eukaryotes.  • Liu et al., Proteins, 2004, 56:188­200. Examples of recent advances: 5  large scale modelling  • Protein structure prediction for the male­  specific region of the human Y chromosome.  Ginalski et al., Proc Natl Acad Sci U S A.  2004, 101:2305­10.  • Comparative protein structure modeling by  iterative alignment, model building and model  assessment. John  Sali Nucleic Acids Res.  2003,