HIV-1蛋白酶和抑制剂结合中桥接水分子作用QMMM的研究.docVIP

HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中桥接水分子作用的QM/MM研究张玉新 张少龙* 张庆刚（山东师范大学物理与电子科学学院，山东济南 250014） 摘要：对HIV-1蛋白酶与抑制剂2AH和4AH结合的两个复合物体系进行了水溶液环境下量子力学分子力学混合方法(hybrid QM/MM)的1ns分子动力学模拟,用MM-GBSA方法得到桥接水分子W301与HIV-1蛋白酶和抑制剂结合体的结合自由能-24.93 kJ/mol和-20.29 kJ/mol,表明W301在抑制剂和HIV-1蛋白酶结合的过程中起到了不能被忽略的作用. 关键词：hybrid QM/MM方法，AM1方法,W301,结合自由能,MM-GBSA 中图分类号：O 641.12 文献标识码： A Hybrid QM/MM Study on Interfacial Water Effect to the Binding of HIV-1 Protease and Inhibitors ZHANG Yuxin, ZHANG Shaolong, ZHANG Qinggang （College of Physics and Electronics, Shandong Normal University, Jinan 250014, China） Abstract： 1 ns Molecular dynamic simulati