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遗传标记技术及应用 一、遗传标记的发展 1、形态学标记 2、细胞遗传标记 3、生化与免疫遗传标记 4、分子遗传标记 5、理想的分子遗传标记应具备的特点 1、形态学标记 形态学标记(morphological marker) 　　能够用肉眼识别和观察、明确显示遗传多样性的外观性状。 特点 　　简单直观，但标记数目少，多态性低，易受外界条件的影响； 　　依据它进行选择的准确性差，所需时间较长，选择效率也较低。 古代形态学标记 公元前4000年，伊拉克的古代巴比伦石刻上记载了马头部性状在５个世代的遗传。 伯乐相马 2、细胞遗传标记 细胞遗传标记(cytological genetic marker) 　　主要是指染色体核型（染色体数目、大小、随体、着丝粒位置、核仁组织区等）、带型（Q、G、C、R带型）和数量特征的变异等，它们分别反映了染色体在结构上和数量上的遗传多态性。 家猪X、Y染色体G带示意图 细胞遗传标记的特点 不易受环境影响，呈孟德尔方式遗传。 多态性集中表现在染色体高度重复DNA结构的异染色质所在的部位。 细胞遗传标记经常伴有对生物有害的表型效应，难以获得相应的标记材料，或者观测和鉴定比较困难，从而限制了细胞遗传标记的应用。 3、生化与免疫遗传标记 免疫遗传学标记(immunogenetical marker) 以动物的免疫学特性为标记，包括红细胞抗原多态性和白细胞抗原多态性。 生化遗传标记(biochemical genetic marker) 主要是指在同一动物个体中具有相同功能的蛋白质存在两种以上的变异体。 同工酶与等位酶 同工酶(isozyme)：电泳所可区分的同一种酶（系统）的不同变化 等位酶(allozyme)：由一个位点的不同等位基因编码的同种酶的不同类型，其功能相同但氨基酸序列不同 等位酶分析的过程 生化与免疫遗传标记的特点 与形态学标识和细胞遗传标记相比，数量更丰富，受环境影响更小，检测手段简便，是一种较好的遗传标记。 血液型和蛋白质型都是基因表达的产物，局限于反映基因组编码区的遗传信息，且标记的数量还比较有限，不能很好地覆盖整个基因组。 4、分子遗传标记 分子遗传标记(molecular genetic marker) 是一种新的以DNA多态性为基础的遗传标记. 随着分子生物学的发展，相继建立了RFLP、RAPD、AFLP、SNP等多种分子遗传标记检测技术，开创了遗传标记研究的新阶段。 分子遗传标记的特点 分子标记指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异特征的DNA片段，它直接反映基因组DNA间的差异。分子标记的优越性表现为：（1）直接以DNA的形式表现，在生物体的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制，不存在表达与否等问题；（2）数量极多，遍布整个基因组，可检测座位几乎无限；（3）多态性高，自然界存在许多等位变异，无须人为创造；（4）表现为中性，不影响目标性状的表达；（5）许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体。 分子标记类型 目前的分子标记有三类： 第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术，包括RFLP、DNA指纹技术（DNA Fingerprinting）、原位杂交（in situ hybridization）等； 第二类是以PCR为核心的分子标记技术，包括RAPD、简单序列重复标记SSR或简单序列长度多态性（Simple sequence length polymorphism, 简称SSLP标记）、扩展片段长度多态性标记AFLP、序标签STS、序列特征化扩增区域SCAR等； 第三类是基于基因芯片等的一些新型的分子标记，如：SNP标记、表达序列标签EST标记等。 5、理想的分子遗传标记应具备的特点 遗传多态性高; 检测手段简单快捷，易于实现自动化; 遗传共显性，即在分离群中能够分离出等位基因的3种基因型。 标记遍布整个基因组； 准确性高，能正确反映动植物的真实遗传，即标记是经济性状基因，或是与影响重要性的性状连锁。 实验重复性好（便于数据交换）； 开发成本和使用成本尽量低廉； 二、分子遗传标记 （一）基于分子杂交的分子标记（如：RFLP：限制性片段长度多态性 等） （二）基于PCR 技术的分子标记（如：随机扩增多态性DNA标记（Random amplification polymorphism DNA, RAPD 等） （三）基于基因芯片等的分子标记（如：SNP：单核苷酸多态性 等） （一）基于分子杂交的分子标记 这类标记利用限制性内切酶酶切不同生物体的DNA分子，然后用特异探针进行Southern杂交，通过放射性自显影或非同位素显色技术揭示DNA的多态性。 1、限制性片段长度多态性 （RFLP） restriction frag