Taxon sampling and the accuracy of phylogenetic analyses.pdfVIP

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2016-02-08 发布于北京
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Taxon sampling and the accuracy of phylogenetic analyses.pdf

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维普资讯 JournalofSystematicsandEvolution 46(3)：239-257 (2008) doi：l0．3724／SP．J．1002．2008．080l6 (formerlyActaPhytotaxonomicaSinica) http：／／www ．plnatsystematics．com rl-、aX0nSam p1Ⅱ●n2and1t-h’eaccuracyoInph’yllo~enet·i·canal’yses TracyA．HEATH ShannonM ．HEDTKE DavidM ．HILLIS， (SectionoflntegrativeBiologyandCenterfo，ComputationalBioloygandBioinformatics，OneUniversityStationC0930 TheUniversiytofTexas，Austin，TX78712，USA) Abstract Appropriateand extensivetaxon sampling isoneofthemostimportantdeterminantsofaccurate phylogeneticestimation．Inaddition．accuracyOfinferencesaboutevolutionaryprocessesobtainedfrom phyloge— neticanalysesisimproved significantlyby thoroughatxon sampling efofrts．Manyrecenteffortsto improve phylogeneticestimateshaveofcusedinsteadonincreasingsequencelengthorthenumberofoverallcharactersin theanalysis，and thisoftendoeshaveabeneficialeffecton theaccuracy ofphylogeneticanalyses．However， phylogeneticanalysesoffewtaxa(buteachrepresentedbymanycharacters)canbesubjecttostrongsystematic biases，whichinturnproducehighmeasuresofrepeaatbility(suchasbootstrapproportions)insupportofincor— rectormisleadingphylogeneticresults．Thus，itisimportna tforphVlOgeneticiststoconsiderboththesamplingof taxa，aswellasthesampling ofchraacters，in designingphylogeneticstudies．Taxon samplingalso improves estimatesofevolutionaryparametersderivedrfom phylogeneticflees．andisthusimportantofrimprovedapplica— tionsofphylogeneticanalyses．Analysisofsensitivity to taxon inclusion．thepossibleeffectsoflong—brna ch attraction，na dsensitivity ofpraameterestimationofrmodel—basedmethodsshouldbeapan Ofanycraefulna d thorough phylogeneticanalysis．Furthermore，recentimprovementsinphylogenetical