Soft computing application in bioinformatics.pdfVIP

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2016-02-08 发布于北京
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维普资讯第 2O卷第3期重庆邮电大学学报f自然科学版) Vo1．20 No．3 2008年 6月 JournalofChongqingUniversityofPostsandTelecommunications(NaturalScienceEdition) Jun．2008 Softcomputingapplicationinbioinformatics MITRA Sushmita (MachineIntelligenceUnit，IndianStatisticalInstitute，203，＆ T．Road，Kolkate700 108，India) Abstract：Thisarticleprovidesanoutlineonarecentapplicationofsoftcomputingfortheminingofmicroarraygeneexpres— sions．W edescribeinvestigationswithanevolutionary-roughfeatureselectionalgorithm forfeatureselectionandelassifica— tiononcancerdata．Roughsettheoryisemployedtogeneratereducts，whichrepresenttheminimalsetsofnon-redundant featurescapableofdiscerningbetweenallobjects，inamulti—objectiveframework．Theexperimentalresultsdemonstratethe effectivenessofthemethodologyonthreecancerdatasets． Keywords：softcomputing；mieroarraygeneexpressions；multi—objeciveframework；bioinformatlon CLCnumber：TP18 D~：umentcode：A ArticalID：l673—825X (2008)03—0348—07 alyzinginformationfrom largedatabasesistheassoci— 1 Introduction atedhighcomplexity．Featureselectionishelpfulasa Softcomputingisgraduallyopeningupseveralpos— preprocessingstepforreducingdimensionality．remo— sibilitiesinbioinformatics[1，2]，especiallybygenera— vingirrelevantdata，improving learningaccuracyand tingglow-cost，low-precision (approximate)，goodso— enhancingoutputcomprehensibility．M icroarraydatais lutions．Itinvolvesthesynergisticintegrationofpara— atypicalexamplepresentinganoverwhelmin