临床样本dna自动测序结果的判读-临床肿瘤学杂志.pdfVIP

·７４６· 　临床肿瘤学杂志２０１１年８月第１６卷第８期　ＣｈｉｎｅｓｅＣｌｉｎｉｃａｌＯｎｃｏｌｏｇｙ，Ａｕｇ．２０１１，Ｖｏｌ．１６，Ｎｏ．８　 ·综述与讲座 · 临床样本 ＤＮＡ自动测序结果的判读 ２１００４６　南京　南京中医药大学基础医学院 １ １ １ １ １ 张树鹏 ，赖仁胜 ，杜益群 ，谢　玲 ，吴晓斌 　　【摘　要】　自动测序技术向临床医学方向转化，使测序结果电泳图的正确判读成为临床分子病理学家、肿瘤学家及临 床研究者十分重要的技能之一。本文总结了自动测序结果图中单位点杂峰、杂合子、纯合子及长片段杂峰序列，以及缺失与 插入所致框移等的特点和正确判读方法，并就其发生原理、注意事项及处理方法等作一探讨。另外，结合临床实践对ＤＮＡ测 序的报告内容提出了相应的要求。 　　【关键词】　ＤＮＡ测序；　电泳图；　判断；　临床分子病理学 中图分类号：Ｒ７３０　　文献标识码：Ａ　　文章编号：１００９－０４６０（２０１１）０８－０７４６－０５ Ｔｈｅｉｎｔｅｒｐｒｅｔａｔｉｏｎｏｆｔｈｅｒｅｓｕｌｔｏｆｄｉｒｅｃｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｄｕｒｉｎｇｔｈｅｃｌｉｎｉｃａｌｓａｍｐｌｅｔｅｓｔ 　　ＺＨＡＮＧＳｈｕｐｅｎｇ，ＬＡＩＲｅｎｓｈｅｎｇ，ＤＵＹｉｑｕｎ，ＸＩＥＬｉｎｇ，ＷＵＸｉａｏｂｉｎ．ＴｈｅＰｒｅｃｌｉｎｉｃａｌＭｅｄｉｃｉｎｅＣｏｌｌｅｇｅ， ＮａｎｊｉｎｇＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆＣｈｉｎｅｓｅＭｅｄｉｃｉｎｅ，Ｎａｎｊｉｎｇ２１００４６，Ｃｈｉｎａ 　　【Ａｂｓｔｒａｃｔ】　ＴｈｅｔｒａｎｓｌａｔｉｏｎｏｆｔｈｅａｕｔｏｍａｔｉｃＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｔｏｔｈｅｃｌｉｎｉｃａｌｕｓｅｍａｋｅｓｔｈｅｃｏｒｒｅｃｔｒｅａｄｉｎｇｏｆｔｈｅｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍｂｅｃｏｍｉｎｇａｖｅｒｙｉｍｐｏｒｔａｎｔｓｋｉｌｌｆｏｒｃｌｉｎｉｃａｌｍｏｌｅｃｕｌａｒｐａｔｈｏｌｏｇｉｓｔｓ，ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔｓａｎｄｏｔｈｅｒｃｌｉｎｉｃａｌｒｅｓｅａｒｃｈｅｒｓ．Ｔｈｉｓ ａｒｔｉｃｌｅｄｅｓｃｒｉｂｅｄｔｈｅｃｈａｒａｃｔｅｒｏｆｓｉｎｇｌｅｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓｍｕｔａｔｉｏｎｐｅａｋｓｏｆｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｔｅ，ｓｉｎｇｌｅｐｅａｋｓｏｆｈｏｍｏｚｙｇｏｔｅａｎｄｌｏｎｇｈｅｔｅｒｏｚｙｇｏｕｓ ｓｅｑｕｅｎｃｅｓｗｈｉｃｈｗｅｒｅｃａｕｓｅｄｂｙｔｈｅｆｒａｍｅｓｈｉｆｔｏｆｂａｓｅｓｄｅｌｅｔｉｏｎａｎｄｉｎｓｅｒｔｉｏｎ，ａｎｄａｌｓｏｇａｖｅａｎａｄｖｉｃｅｆｏｒｃｏｒｒｅｃｔｒｅｃｏｇｎｉｚａｔｉｏｎｏｆ ｔｈｅｍ．Ｗｅａｌｓｏｄｉｓｃｕｓｓｅｄｔｈｅｐｒｉｎｃｉｐｌｅｏｆｔｈｅｉｒａｐｐｅａｒａｎｃｅ，ａｎｄｔｈｅｎｏｔｅａｎｄｔｈｅｍｅｔｈｏｄｓｏｆｒｅｍｏｖｉｎｇｔｈｅｍ．Ａｔｔｈｅｓａｍｅｔｉｍｅ，ｓｏｍｅ ｒｅｑｕｉｒｅｍｅｎｔｗｅｒｅａｐｐｅａｌｅｄｆｏｒｔｈｅｒｅｐｏｒｔｆｏｒｍｃｏｎｓｉｄｅｒｉｎｇｔｈｅｃｌｉｎｉｃａｌｐｒａｃｔｉｃｅ． 　　【ＫｅｙＷｏｒｄｓ】　ＤＮＡｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ；　Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｔｏｇｒａｍ；　Ｒｅａｄｉｎｇ；　Ｃｌｉｎｉｃａｌｍｏｌｅｃｕｌａｒｐａｔｈｏｌｏｇｙ 　　随着人类基因组计划的完成及对遗传物质认识的进一 １　杂峰与杂合子的判读 步深入，人们对遗传物质的研究逐渐向医学临床应用方向转 化和延伸。继美国提出癌症基因组计划以来，各种基因生物 １１　ＢｉｇＤｙｅ峰　ＢｉｇＤｙｅ是测序反应过程中最重要的试剂。 ［１］ 标志的研究与临床检测方兴未艾 。自１９７７年英国剑桥大 在测序反应产物的纯化过程中，如果不能有效去除，就会在 学的ＦｒｅｄＳａｎｇｅｒ及美国哈佛大学的ＡｌａｎＭａｘａｍ和 Ｗａｌｔｅｒ 测序图前１００余碱基内出现一个或几个多色荧光重叠在一 Ｇｉｂｅｒｔ两个小组同时发明了ＤＮＡ序列测定方法以来，ＤＮＡ 起的宽峰（图１）。当纯化效果很差时，ＢｉｇＤｙｅ峰可高达数千 的测定技术发展迅速，新一代