Perl语言整合5款软件进行真菌效应蛋白预测.pdfVIP

L盏ETTTTE黧RSIN技BIObT术E]CHN通0LL00G器YV…OL—ZO，Nloo．5·seepp．，，·2u0llJ5 697 doi：10．39690．issn．1009—0002．2015．05．025 研究报告 Ped语言整合5款软件进行真菌效应蛋白预测 冯世鹏 海南省热带生物资源可持续利用重点实验室，海南大学 农学院，海南 海 口570228 [摘要] 目的：效应蛋 白在真菌与植物互作过程中发挥 了重要的作用，它由真菌分泌进入植物体内引起植物细胞结 构和功能改变，使植物表现出抗性抑制病菌侵染或者加速病菌侵染表现为感病。效应蛋 白的预测 目前尚无公认的方 法，我们拟建立真菌效应蛋白预测流程，供研究人员参考。方法：根据真菌效应蛋白无典型结构及属于胞外分泌蛋白 的特点，利用Perl语言整合5款软件 (SignalP、ProtComp、TMHMM、TargetP、WoLFPSORT)，设计2种真菌效应蛋 白预 测方法。结果 ：对香蕉枯萎病菌蛋 白质组进行测试，发现348个潜在效应蛋 白，该结果与其他文献报道的结果一致。 结论：建立了2种真菌效应蛋 白预测流程，可供研究者选用。 [关键词] 真菌；效应蛋白；预测；Perl语言 [中图分类号] Q816 [文献标识码] A [文章编号] 1009-0002(2015)05—0697—07 FungiEffectorProteinsPrediction by PerlUnited Five Softwares FENG Shi—Peng Hainan Key Laboratory forSustainable Utilization ofTropicalBioresource，．College ofAgriculture,．Hainan Universi— ty．．Haikou 570228，China Correspondingauthor,．E-一mail：feng shipeng@hainu．edu．cn _ [Abstract】 0bjective：Tobuildeffectorproteinpredictionmethods．Effectorproteinsplayimportantrolesinthe processoffungiandplant interactions．Theyaresecretedintotheplant cellsand inducedchangesincellstruc— tureandfunction，resultingni plantresistancetoufngiandinhibitioninfectionorplant susceptibilitytofungiand acceleration infection．There are no generally accepted effector proteinsprediction soflwares．M ethods：According to features of the fungal effector proteins，extracellular proteins and withouttypicalstructure，this paper reports twoPed methodsoffungaleffectorprotein prediction basedon fivesoftwares(SignalP，ProtComp，TMHMM，Tar-- getP,and WoLF PSORT)．Results：Teston hteproteinomeofFusarium oxysporum f．sp．cubense race 1，totally 348seqswere bepredicted asprotenteffectorproteins，which wassimilarto otherreports．Conclusion：Two meth— odsofeffectorprotein predi