绥农14全长转本的获得和注释及glyma13g21630基因多样性分析.pdfVIP

摘 要 大豆基因组测序已经完成并发表。全长cDNA文库因其能够提供完整的基因序列信息，有助 于准确分析基冈的结构和功能，能够促进人豆基因组数据的有效利用和功能基因组学的研究和发 展，已成为目前分子生物学领域的一种重要途径。本研究以我国栽培大豆品种绥农14为材料，运 因结构、基因功能和代谢途径等进行注释，探讨大豆核基因密码子的使用偏好性，并研究从文库 和大豆转录组研究，为基因改造中的密码子优化提供依据，并为大豆基因的分子驯化奠定了理论 基础。 主要研究结果如下： 1．构建了高质量的绥农14全长eDNA文库 以大豆品种绥农14处于不同发育时期的组织为实验材料，运用sMART方法构建了绥农14的正 常叶片、大豆花叶病毒侵染叶片、鼓粒期籽粒和混合组织四个高质量文库(前三个文库由本实验 双向测序1，031条，去除载体后得到有效序列1,698条。将测序结果与前人数据进行整合，共得到 8,818条EST，其中5’EST7,356条，3’EST1,462条。 2．完成了2,071条绥农14全长转录本的结构和功能注释 和ArgZ种氨基酸在大豆中的频率较高，且不同于大多数生物，大豆密码子的第三位碱基GC含量 最高。完成了全长基因在大豆20条染色体上的定位，并依据基因序列的同源性对其进行GO功能分 类，依据编码蛋白序列的同源性完成COG功能分类。以大豆基冈组数据为基础，首次构建出大豆 全长基冈的KEGG代谢通路图。 3．分析了大豆基因组和转录组的核基因密码子使用性 以大豆基因组的46。430个高置信编码基因和2，071条大豆全长转录本序列为数据来源，应用 codonW软件对大豆全基因组和全长转录组密码子使用各项参数的计算和统计分析发现，基冈的表 度越高，并确定了UCC和GCC为大豆最优密码子。编码区长度分组分析表明，密码子使用偏好性 随编码区长度的增加而降低，而编码区较长的基因则趋向于随机使用密码子，且在转录组数据范 围内，编码区长度介于400-600bp的基冈表达水平最高。大豆叶片和种子中特异表达基因的密码子 使用偏好性和基因表达水平较为接近，但种子特异表达基冈的GC和GC3s含量均显著高于叶片， 而叶片特异表达基冈的芳香族氨基酸含量则极显著高于种子特异表达基因。 4．分析了栽培大豆和野生大豆的Glymal3921630基因多样性 目逐渐减少，分布范围也越来越窄；连锁不平衡分析表明，野生大豆的7个高频SNP位点中有 42．86％的位点对处于显著的连锁不平衡状态；Ka／Ksl，说明野生人豆在向栽培大豆的进化中， 中因正向选择作用而固定了有益变异，表现出瓶颈效应。 关键词：大豆，绥农14，全长cDNA文库，密码子，Glymal3921630 Abstract hasbeen and cDNA Soybeangenomesequencingcompletedreleased．Full-lengthlibraryprovide informationmore willalso theeffectiveuseof sequence precisely．It help soybean genomic promote dataandthefunctional researchand cDNA has genome genomics development,80full—lengthlibrary all in max become molecular this L．)cultivar importantapproach biology．Instudy,soybean(Glycine to Wasusedconstruct4 librariesSMART obtained Suinongl4