水稻基因组倍增究.pdfVIP

中文摘要 基因组倍增在物种进化过程中起着举足轻重的作用。本文利用水稻基因组序列主 要研究了(1)水稻(Oryza sativa)基因组倍增；(2)基因家族最大完全匹配长度变 化及其在基因组倍增分析中的应用；(3)基因组倍增块检测方法的比较。主要研究结 果如下： 1．水稻基因组倍增 2．o)和染色体间的双向BLAST最佳匹配搜索等方法，检测了水稻基因组的倍增区段。 首先发现了大规模不相互重叠的染色体间的倍增块，这些块涵盖了水稻的大部分染色 体区段，说明水稻发生了一次大规模全基因组倍增事件。同时还发现， 11和12号 染色体间近期还发生过～次区段倍增。另外，通过计算倍增基因的年代分布以及在有 效控制背景噪音条件下，我们发现水稻基因组可能在单双子叶分化之前还发生过一次 更古老的倍增事件。 2． 基因家族最大完全匹配长度变化及其在基因组倍增分析中的应用 对四个物种(水稻、拟南芥、小鼠和人)中几个主要基因家族成员间最大完全匹 配长度(MAI，E)在进化过程中的变化进行了分析，发现基因家族各成员间MALE 值在进化早期与进化时间有显著相关性，可以建立MALE值与进化时间之间的回归 方程(曲线)。基于回归方程，分别对建立了四个物种MALE值与其相应的进化时间 的参考表。并举例说明了该研究结果在水稻基因组大规模倍增事件检测中的应用。 3． 基因组倍增块检测方法的比较 和RBS两者不相上下，(361次之；在敏感度上，Gill可能较之另外两者为高；但在内 问题是最小完全匹配长度(MⅡ，E)值的设置，RBS不存在该问题。 关键词：水稻(Oryza 匹配长度(MILE)：MUMmer：RBS；Gril Abstract a and been Genome was forcehas more in duplication evolutionary powerful important theevolutionof and this hovelty paper,we shaping biological complexity．In studied(1) maximal the of sequence sativa)genome application length rice(Oryza duplication；(2)the of match froma evolutionin exact betweenmembers family early plant gone during researchon for blockof searchingduplicatedplant genomeduplication；(3)comparison followas： mainresults genome．The 1．The saKva)genomeduplication