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中国农业科学 2005,38(3):516-522
Scientia Agricultura Sinica
酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析
1 1 1 1 2 1 1 1 3 1
杨 静 ,李成云 ,王云月 ,朱有勇 ,李进斌 ,何霞红 ,刘 林 ,业艳芬 ,周晓罡 ,唐 萍
1 2
( 云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室,昆明 650201 ; 云南省农业科学院植物保护研究所,昆明 650205 ;
3 云南省农业科学院生物技术研究所,昆明 650223)
摘要:结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、
Big-PI predictor和TMHMM v2.0对已公布的6 700个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae )基因的N-端氨基酸
序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为
Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和
C-区,其余116个分泌蛋白的信号肽包含完整的3个区,即N-区、H-区和C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌
(Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和
顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少
数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2
SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白
同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。
酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达真核外源蛋白的首选宿主。对酿酒酵母进行基因组
水平的分泌蛋白及信号肽结构的分析,可更好地利用该宿主表达分泌型的外源蛋白研究提供参考信息。
关键词:酿酒酵母;分泌蛋白;信号肽;分泌途径
Computational Analysis of Signal Peptide-Dependent Secreted
Proteins in Saccaromyces cerevisiae
1 1 1 1 2 1 1
YANG Jing , LI Cheng-yun , WANG Yun-yue , ZHU You-yong , LI Jin-bin , HE Xia-hong , LIU Lin ,
1 3 1
YE Yan-fen , ZHOU Xiao-gang , TANG Ping
1
( The Ministry of Education Key Laboratory for Agricultural Biodiversity and Pest Management,Yunnan Agricultural University,
Kunming 650201 ; 2Plant Protect
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