酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析.pdfVIP

酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析.pdf

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中国农业科学 2005,38(3):516-522 Scientia Agricultura Sinica 酿酒酵母分泌蛋白组的计算机分析 1 1 1 1 2 1 1 1 3 1 杨 静 ,李成云 ,王云月 ,朱有勇 ,李进斌 ,何霞红 ,刘 林 ,业艳芬 ,周晓罡 ,唐 萍 1 2 ( 云南农业大学教育部生物多样性与病虫害控制重点实验室,昆明 650201 ; 云南省农业科学院植物保护研究所,昆明 650205 ; 3 云南省农业科学院生物技术研究所,昆明 650223) 摘要:结合计算机技术和生物信息学的方法,采用组合的信号肽分析软件 SignalP v3.0、TargetP v1.01、 Big-PI predictor和TMHMM v2.0对已公布的6 700个酿酒酵母(Saccaromyces cerevieiae )基因的N-端氨基酸 序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构。结果表明,在 6 700 个酿酒酵母蛋白中,163 个为 Sec-信号肽分泌蛋白,经 Sec 途径分泌。在 163 个分泌蛋白中,有 47 个的信号肽没有典型的 N-区,仅有 H-区和 C-区,其余116个分泌蛋白的信号肽包含完整的3个区,即N-区、H-区和C-区。比较了酿酒酵母与白假丝酵母菌 (Candida albicans)分泌蛋白信号肽的氨基酸组成顺序,表明酿酒酵母与白假丝酵母菌的信号肽的氨基酸组成和 顺序差异很大,两者信号肽长度分布范围、氨基酸种类及其出现频率大体一致。在酿酒酵母分泌蛋白中出现了少 数氨基酸组成完全一致的信号肽,为进一步确认具有相同信号肽的分泌蛋白是否具有同源性,分别采用 BLAST 2 SEQUENECES 和 CLUSTAL W 对具有相同信号肽的分泌蛋白进行了序列比对。结果表明具有相同信号肽的分泌蛋白 同源性非常高,氨基酸组成也非常保守。由此可以推断,编码这些分泌蛋白的基因属于旁系同源基因(paralogous)。 酿酒酵母作为一种模式生物,以其诸多的优点,被认为是表达真核外源蛋白的首选宿主。对酿酒酵母进行基因组 水平的分泌蛋白及信号肽结构的分析,可更好地利用该宿主表达分泌型的外源蛋白研究提供参考信息。 关键词:酿酒酵母;分泌蛋白;信号肽;分泌途径 Computational Analysis of Signal Peptide-Dependent Secreted Proteins in Saccaromyces cerevisiae 1 1 1 1 2 1 1 YANG Jing , LI Cheng-yun , WANG Yun-yue , ZHU You-yong , LI Jin-bin , HE Xia-hong , LIU Lin , 1 3 1 YE Yan-fen , ZHOU Xiao-gang , TANG Ping 1 ( The Ministry of Education Key Laboratory for Agricultural Biodiversity and Pest Management,Yunnan Agricultural University, Kunming 650201 ; 2Plant Protect

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