基因芯片分析芜菁雌蕊退化突变体tpa及野生型开放花的转录组差异.pdfVIP

中国农业科学 2011,44(5):972-981 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2011.05.014 基因芯片分析芜菁雌蕊退化突变体 tpa 及野生型开放花的转录组差异 吴剑锋，张海娟，卢海宇，王芳展，余小林 （浙江大学蔬菜科学研究所/农业部园艺植物生长发育与品质调控重点开放实验室，杭州 310029 ） 摘要：【目的】基于转录组水平分析芜菁雌蕊退化突变（turnip pistil aborted, tpa ）发生的可能原因， 为揭示芸薹属作物雌蕊发育的分子遗传调控机制提供研究依据。【方法】 利用tpa 及其野生型植株的开放花制备 的mRNA反转录成cDNA与拟南芥ATH1芯片进行杂交，筛选出在 tpa 及其野生型植株中表达有差异的基因，并利用 RT-PCR 技术对芯片筛选出的基因进行验证。【结果】获得了 152 个在野生型（W1）和完全退化株（M3）转录组中 差异表达的基因，61个在W1 和部分退化株（I2）转录组中差异表达的基因，以及24 个在I2和M3 转录组中差异 表达的基因，上述差异基因分别属于细胞壁合成与调控、防卫与胁迫反应、转录调控、蛋白质代谢以及普通新陈 代谢等 9 个不同的功能类别。通过对 41 个基因的 RT-PCR 验证，获得了 At2g42840、At1g57750、At5g20630、 At2g03090、At3g08030、At5g08000、At2g28790、At5g63310 和 At2g24270 等 9 个在 tpa 及野生型植株中具显著 不同的时空表达特性的基因。【结论】 拟南芥 cDNA 芯片可用于分析tpa 及其野生型基因的转录差异，筛选获得 的9个显著差异基因不但在雌蕊发育等生殖发育过程起重要作用，还参与了植物营养生长的生理生化过程。 关键词：芜菁；拟南芥cDNA 芯片；雌蕊发育；基因表达；转录 Ananlysis of Transcriptome Differences Between tpa and Its Wild Type Flowers Based on the Microarray in Turnip WU Jian-feng, ZHANG Hai-juan, LU Hai-yu, WANG Fang-zhan, YU Xiao-lin (Institute of Vegetable Sciences, Zhejiang University/Key Laboratory of Horticultural Plant Growth, Development and Quality Improvement, Ministry of Agriculture, Hangzhou 310029) Abstract: 【Objective 】 The possible reasons of the pistil abortion in turnip have been studied at the transcriptional level and it will be helpful to provide some useful clues to illuminate the molecular genetics mechanism of the gynoecium development in Brassica crops. 【Method 】 The Arabidopsis ATH1 genome array was employed to analyze the transcriptome differences between the tpa mutants and th