水稻瘤矮病毒基因组第6片段（S6）序列测定与分析.pdfVIP

中国农业科学 2007,40(11):2474-2480 Scientia Agricultura Sinica 水稻瘤矮病毒基因组第6片段（S6）序列测定与分析 1，2 1 1 1 刘福秀 ，阮小蕾 ，何云蔚 ，李华平 1 2 （华南农业大学植物病毒研究室，广州 510642 ； 海南出入镜检验检疫局热带植物隔离检疫中心，海口 570311 ） 摘要：【目的】了解水稻瘤矮病毒（RGDV）基因组结构与功能。【方法】根据已报道的 RGDV 基因组各片段末 端序列及其反向重复特性，采用4轮RT-PCR 的方法扩增RGDV基因组第6片段 （S6），用生物学软件进行序列分析。 【结果】得到了该病毒S6的全序列。S6全长1 651 bp，G+C含量39.13%，包含一个长的ORF，起始于第25位， 终止于第1 497位，编码490 个氨基酸，分子量为53.3 kD。 【结论】该蛋白与伤瘤病毒（WTV）的P7的相似性 为30.0%，与水稻矮缩病毒(RDV)的P7的相似性为31.7%。这是RGDV S6全序列的首次报道。 关键词：植物呼肠孤病毒；水稻瘤矮病毒（RGDV）；基因组第6片段（S6）；序列分析 Sequencing and Analysis of Rice Gall Dwarf Virus Genome Segment 6 1,2 1 1 1 LIU Fu-xiu , RUAN Xiao-lei , HE Yun-wei , LI Hua-ping 1 2 ( Laboratory of Plant Virology, South China Agricultural University, Guangzhou 510642; Post-Entry Quarantine Station for Tropical Plant, Hainan Entry-Exit Inspection and Quarantine Burean, Haikou 570311) Abstract: 【Objective 】In order to understand the whole genome organization and its functions of Rice gall dwarf virus (RGDV), we obtained the complete sequence of RGDV genome segment 6. 【Method 】Four rounds of RT-PCR were performed according to the property of segment-specific reverted repeat termini sequences reported. Sequences were analyzed by bio-software. 【Result 】The full-length cDNA of S6 was 1 651 bp with 39.13% G+C content, containing a single open reading frame (ORF) that extends 1 473 nucleotides from nucleotide 25. The single ORF encoded a putative 53.3 kD polypeptide, named Psn6, containing 490 amino acids. 【Conclusion 】 RGDV Psn6 exhibited 31.7% amino acid seque