synthetic合成生物学极佳自制课件解读.pptVIP

process * `````` * * 18 July 05. Method: Rough Google search. Thus not a thorough survey. No academic facilities. 合成生物学 Synthetic biology 起源 定义 组成 本质 前景 36亿年前，一个微小的生命细胞在地球的荒野中诞生，它自我复制，它的后代们继续复制自我，就这样，随着遗传基因一代代变异，延续数十亿代。今天，每个生物体——每个人、植物、动物和微生物——都能从第一个细胞找到自己的起源。迄今为止，地球的生物大家族是我们在宇宙发现的唯一存在的一种生命。 生命1.0版本 生物大家族中的新成员 不过现在，将会有一些新成员加入到这个生物大家族。在过去这些年里，科学家一直在尝试从零开始制造全新的生命形式——用化学物质造出合成ＤＮＡ，由ＤＮＡ合成基因，再由基因形成基因组，最终在实验室造出全新生物体的分子系统，而这种生物体在自然界从未出现过。 这些向“造物主”的垄断地位发起挑战的人包括 工程师、计算机学家、物理学家和化学家。 他们以有别于传统生物学家的视角看待生命 2003年开创了一个全新的研究领域—合成生物学 “生物晋级2003计划！” What is Synthetic Biology? 合成生物学的定义 加州大学伯克利分校( UCB) 的化学工程教授Keasling 说: 合成生物学正在用“生物学”进行工程化, 就像用“物理学”进行“电子工程”, 用“化学”进行“化学工程”一样。 哥伦比亚癌症研究中心、测序及基因组科学中心主任Holt 说, 合成生物学与传统的重组DNA 技术之间的界限仍然是模糊的。从根本上说, 合成生物学正在利用获得的“元件”进行下一层次的工作———对细胞进行实际的工程化。 合成生物学的定义 哈佛大学医学院遗传学教授、计算遗传学中心主任Church 说, 主要的出发点是在把合成生物学与现有的领域( 例如基因工程或细胞工程)分离开来。我们已经在一次涉及一个“零件”或少量“零件”。合成生物学是利用我们所确信的一些“零件”进行新生物系统的工程。它在利用从系统生物学(systems biology)得出的最好分析去加工制作及检验复杂的生物机器. 合成生物学的组成 生物积块（BioBrick）：包括各种生物分子的合成与模块化、亚细胞模块、生物合成的基因网络、代谢途径和信号转导通路、转运机制等。 积块接口：如调整和修改输入-输出过程、调整不同亚细胞组件间的层次化相互作用等使模块具有可拆装性。 开放平台：优化生物或非生物载体，达到提高工程系统效率、降低其维护成本和要求、提供某种特殊的“敏感性”及对环境的兼容性等目的。 调控和通讯系统：包括生物部件的反馈、前馈机制以及行为和通讯方式的模块化。 数学模拟：各种功能模块的逻辑结构与仿真、预测算法和相应软件等。 数学模拟和功能检测 有效结合实验验证和算法开发，利用实验验证模型和优化模型，通过模型来指导合成生物学实验是行之有效的方法之一。 合成生物学强调“设计”和“重设计”。大量借助计算机科学、信息科学、数学和物理学原理，利用已有的生物学知识，建立数学模型，对合成生物系统进行模拟和性能分析，指导和优化实验设计，是合成生物学的重要手段。 合成生物系统的模块化 为了克服常规基因操作中繁琐的切、连、转、筛等，更加灵活地使用DNA元件，合成生物学家创造性地提出了标准化生物模块——生物积块（BioBrick）的概念，并构建了相应的DNA元件文库——iGEM Registry。 除了用标准化的功能模块作为承载功能的硬件外，还需要标准化的系统量化平台和抽象的概念信号作为承载功能的软件。为此，iGEM Registry提供了衡量和代表输入输出信号的标准——PoPS（RNA polymerase per second）和RIPS（ribosomal initiations per second）。 合成生物系统的层次化结构 合成生物学的工程本质 “工程化”是合成生物学的一个显著特点，也是合成生物学区别现有生物学其它学科的主要特征之一。合成生物学家力图通过工程化方法，将复杂生物系统简化以探索自然生物现象及其应用，并利用基因等元素设计和构建具有崭新功能的合成生物系统。 合成生物学VS计算机 如果说1953年ＤＮＡ双螺旋分子结构的发现让分子生物学家意识到，基因与细胞的关系就像计算机的软件和硬件，那么合成生物学正在做的就是设计新“软件”、开发新“硬件”。 自上至下（逆向工程）和自下至上（前/正向工程）是合成生物学的过程化研究主要有两种策略。 自上至下策略主要用于分