内源性绵羊肺腺病毒nm株全基因序列的克隆、序列分析.pdfVIP

摘 要 为了扩增内源性绵羊肺腺瘤病毒、~I株全基因序列，参照GenBank中已发表的内源 性绵羊肺腺瘤病毒的基因组全序列，设计合成七对引物，从经临床病理学检查健康 无病绵羊的子宫组织中提取总DNA，分别使用内源性绵羊肺腺瘤病毒特异性探针和外 源性绵羊肺腺瘤病毒特异性探针，进行斑点杂交鉴定。然后用鉴定后的子宫总DNA 载体中进行双向测序并用DNAstar软件进行序列拼接与序列分析，获得完整的 基因的3’末端重叠一个额外的开放阅读框(off-x)。与内源性南非代表毒株enJS56A1 的基因序列比较，核苷酸同源性为99．2％；与外源性美国代表株JSRV：。的基因序列比 较，核苷酸同源性为92。3％。分析enJSRV—NM株基因组结构。在碰因上没有发现外 源性exJSRV特有的Sca I酶切位点，且在gag基因编码的Nc区发现有2个较典型的“胱 氨酸一组氨酸序列”，可形成锌指结构。在印P基因编码的TM区没有发现外源性 推导的氨基酸进行同源性比较，在大多数区域同源性高达90％～98％，而有3个可变 另一可变区VR3位于鲫堪因编码的T|Ⅵ区。应用生物信息学分析技术并对enJSRV—NM 株磁因、eft瑾因所编码的蛋白分别进行蛋白结构预测，结果显示锏}基因、鲫