家畜育种学第五章(级)精要.pptVIP

第五章 种畜的遗传评估 第一节 单性状育种值估计 一、个体育种值 二、利用一种信息估计个体育种值 三、利用多种亲属信息估计个体育种值 四、相对育种值 一、个体育种值 （二）个体育种值估计的原理与公式 第二节 多性状育种值估计 一、选择指数概述 （一）选择指数的类别 1、经典选择指数 把所需要选择的几个性状，根据它们的遗传特点和经济价值，综合成一个使个体间可以相互比较的指数值，依据指数高低进行选留和淘汰。 （二）选择指数与育种值 二、普通综合选择指数 （一）经典选择指数 信息性状—个体本身或有关亲属的相关性状 的表型值。 目标性状—综合育种值中所包含的性状。 （二）通用选择指数 3、应用选择指数法的条件 4、指数选择效果与理论预测的差异 5、制订选择指数的注意事项 三、约束与最宜选择指数 （一）概念 约束选择指数－在多性状遗传改良中，希望在一些性状改进的同时，保持另一些性状不变。 最宜选择指数－控制某些性状以适当的比例按要求改进。 第三节 BLUP育种值估计 一、有关预备知识 （一）分快矩阵、逆矩阵和广义逆矩阵 1、分快矩阵 （二）随机向量、期望向量和方差－协方差矩阵和正态分布 （三）个体间的加性遗传相关 （四）线性模型 二、BLUP的基本原理 三、 BLUP育种值估计模型 七、 BLUP育种值估计软件 1、PEST（美国） 2、PIGBLUP（澳大利亚） 3、GBS（中国农业大学） 4、NETPIG（四川农业大学） 1、模型 概念：描述某种现象的特征或本质的数 学关系式。 意义：恰当地反映数据资料的性质和所 要解决的问题。 类型： （1）真实模型 非常准确地模拟观察值的变异性。 （2）理想模型 尽可能接近真实模型的模型。 （3）操作模型 用于实际统计分析的模型，是理想模型的简化形式。 2、线性模型 概念：指在模型中所包含的各个因子是以相加的 形式影响观察值，即它们与观察值的关系为线性关系，但对于连续性的协变量也允许出现平方或立方项。 组成：数学方程式； 方程式中随机变量的期望和方差及协方差；假设及约束条件。 3、线性模型的分类： （1）从功能上分类：回归模型、方差分析模型等。 （2）按模型中的因子数分类：单因子、双因子等。 （3）按模型中的因子性质分类： 固定效应模型—模型中除了随机误差外，其余 的效应均为固定效应。 随机效应模型—模型中除了总平均外，其余的 效应均为随机效应。 混合模型—模型中除了总平均和随机误差外， 既含有固定效应，也含有随机效应。 BLUP法的基础是线性混合模型，通过对混合模型方程组求解，而得到个体的育种值。 在应用这个方法时，主要根据具体情况，配合一个观察值与各种效应间的数学表达式（模型），在这个表达式中即包括了固定效应，又包括了随机效应，所以称之为混合模型。 1、指数式的一般形式 根据个体育种值的原理： 多性状选择的目的是要获得一个指数I，用它可以达到最准确地估计H，即令综合育种值与指数间相关（rHI）最大化，从而获得最大的综合育种值进展ΔH，利用求极大值方法可以得到如下多元正规方程： 是各选择性状表型值之间的方差－协方差矩阵 是各选择性状育种值之间的方差－协方差矩阵 2、选择指数选择效果的预估 （1）综合育种值估计准确度（rHI） （2）综合育种值选择进展（△H） （3）各性状育种值选择进展（△a） 3、经典选择指数计算步骤 （1）整理各性状的表型、遗传参数及经济加权值； （2）计算性状的表型方差、协方差矩阵和育种值方差、协方差矩阵； （3）求解各偏回归系数； （4）计算rHI 、△H、 △a （5）将各性状表型值或其它的离均差值代入公式计算个体的指数值。 1、通用选择指数的构建 （1）建立信息性状的线性函数I。 用 I 可以最准确地估计 H（综合育种值） 要求：信息性状和目标性状应具有较高的遗传相关。 （2）利用求极大值的方法建立多元正规方程： 或 是信息性状表型值之间的方差－协方差矩阵 是各信息性状与目标性状育种值之间的方差－协方差矩阵 是对应于提供每一信息性状的个体或有关亲属与被估计个体间的亲缘相关对角矩阵 2、通用选择指数选择效果的预估 （1）综合育种