基于最小自由能和协变信息预测带伪结RNA二级结构 的迭代化方法.pdfVIP

HEREDITAS (Beijing) 2007 7 , 29(7): 889―897 ISSN 0253-9772 技术与方法 DOI: 10.1360/yc-007-0889 RNA 王金华, 骆志刚, 管乃洋, 严繁妹, 靳新, 张雯 , 410073 : 多数 RNA 分子的结构在进化中是高度保守的, 其中很多包含伪结。而 RNA 伪结的预测一直是一个棘手 问题, 很多 RNA 二级结构预测算法都不能预测伪结。文章提出一种基于迭代法预测带伪结 RNA 二级结构的 新方法。该方法在给潜在碱基对打分时综合了热力学和协变信息, 通过基于最小自由能 RNA 折叠算法的多次 迭代选出所有的碱基对。测试结果表明: 此方法几乎能预测到所有的伪结。与其他方法相比, 敏感度接近最优, 而特异性达到最优。 : RNA 二级结构;