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2012 年 第 57 卷 第 30 期：2787 ~ 2793 《中国科学》杂志社 自然科学基金项目进展专栏 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 应用广义活性指标预测酶催化反应的分子间活性 * * 徐珍珍, 赵东霞 , 杨忠志  辽宁师范大学化学化工学院, 大连 116029 * 联系人, E-mail: zhaodx@; zzyang@ 2012-03-28 收稿, 2012-06-24 接受 国家自然科学基金重点项目和国家自然科学基金资助 摘要 为了进一步验证广义活性指标的合理性与准确性, 本文将其应用到了大分子生物体 关键词 系中, 结合局域硬软酸碱(HSAB) 原理, 研究酶催化反应的活性序列, 即砷酸盐还原酶 局域软度 ArsC(1LJU10~17)和低分子量的磷酸盐还原酶 LWMPTPase(1PNT12~18)分别亲核进攻砷酸 广义局域软度 盐和磷酸盐的所有形式(H  2 3 局域HSAB 原理 YO /H YO /HYO /YO , Y=As/P) 的反应活性序列, 其中, 广义 3 4 2 4 4 4 ABEEM模型 局域软度由有限差分近似下的从头计算B3LYP/6-311+G(d,p)方法和直接的ABEEM方法 获得. 随着底物的负电荷不断增大, 体系的整体软度和中心原子的局域软度均变得更软, 砷酸盐及其还原酶也比磷酸盐及其还原酶要软. 利用广义局域软度结合软度的匹配规则, 可知随着底物负电荷的逐渐增加, 原子个数较大的酶与底物之间的反应活性不断升高, 并 且2 价的阴离子(HAsO2和 HPO2) 能够在溶液中稳定存在. 所预测的活性序列与实验所测 4 4 得的结果是相一致的, 可见, 广义局域软度在预测分子间活性方面能够给出合理的预测. 然而, 原局域软度结合软度的匹配原则在预测接近真实体系的分子间活性的时候, 却得到 与实验相反的结果. Fukui 函数是概念密度泛函理论中重要的活性指 B 的原子个数逐渐大于A 的原子个数, 但是活性部位 标之一[1,2], 在解释和预测分子内部的活性位点、及 却没有发生改变. 这里, 有两个问题需要进一步讨论: 区位和立体选择性方面尤为重要. 然而, 由于 Fukui (1) 随着 B 中取代基分子个数的逐渐增大, 由于 函数的正交归一化条件, 使得它只能作为判断分子 Fukui 函数的限制性条件, 活性部位的 Fukui 函数值 内部活性的活性指标. 如若比较分子间活性, 则需要 将会随着取代基的增大而减小, 那么是否意味着取 使用另一个活性指标, 局域软度[3]. Gazquez 和 代前的活性要大于取代后的呢? (2) HSAB 原理认为, Mendez[4]对局域硬软酸碱(HSAB)原理进一步推理得 相互作用的两个分子, 它们的整体软度是相接近的. 出, 相互作用的两个分子的整体软度(S)是几乎相等 而局域 HSAB 原理是在 HSAB 原理的基础之上推导 的, 并且反应是发生在局域软度几乎相等的地方, 而 出的, 因此应用局域 HSAB 原理的前提条件就应该 不是Fukui 函数最大的地方, 这就是局域HSAB 原理.