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2011 年 第 56 卷 第 22 期： 1763 ~ 1770 《中国科学》杂志社 专题: 濒危动物保护生物学 论 文 SCIENCE CHINA PRESS 用多项式分布模型评估低质量DNA 模板微卫星 分型的可靠性 ①* ①* ①† ② ① ③ ④ ①③† 何刚 , 黄康 , 郭松涛 , 纪维红 , 齐晓光 , 任轶 , 金学林 , 李保国 ① 西北大学西部生物资源与生物技术教育部重点实验室, 生命科学学院, 西安 710069; ② Ecology Conservation Group, Institute for Natural Sciences, Massey University, Auckland 904, New Zealand; ③ 陕西省动物研究所, 西安 710032; ④ 陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心, 西安 710402 * 同等贡献 † 联系人, E-mail: songtaoguo@; baoguoli@ 2011-03-02 收稿, 2011-06-20 接受 国家自然科学基金 、陕西省自然科学基金(2009JQ3001)、陕西省教育厅科学研究基金(09JK748)和教育部 西部资源生物技术重点实验室开放基金资助 摘要 在使用痕量样品(如博物馆样品、古代样品、法医样品以及非损伤性样品) 的分子遗传 关键词 学研究中, 由于DNA 质量很低, 容易导致扩增错误的产生, 包括等位基因丢失和假等位基 川金丝猴 因. 本文建立了1 个区别对待纯合子和杂合子的多项式分布数学模型, 使用2 个参数衡量样 非损伤性采样 品的质量, 在此基础上计算多管分型法的分型结果正确率. 为了检验此模型, 本研究从26 只 微卫星 分型错误 秦岭地区川金丝猴(Rhinopithecus roxellana)个体采集非损伤性毛发样品, 使用5 个四核苷酸 多项式分布模型 重复的微卫星位点进行扩增. 根据此模型, 实验获得3 次阳性PCR 结果时, 分型结果正确率 能够到达99%. 对于样品质量很低、需要过多重复实验的样品, 本文还推荐了1 种替代的分 步分型方法, 能够进一步减少重复次数. 本模型有助于优化实验条件, 得到可靠的分型结果. 非损伤性采样(noninvasive sampling)已成为研究 以上2 种扩增错误会降低分型结果的可靠性, 导 濒危物种的重要方法[1], 其最大优点在于对目标动物 致错误的结论, 针对这些问题, 多位学者进行了研究 的行为影响和身体伤害很小, 能够在没有捕捉或观 和分析, Navidi 等人[13]提出了多管分型法(multiple- 察到动物的条件下对它们进行遗传分析[2]. 然而, 从 tubes approach), 即通过重复多次相互独立的扩增, [3~5] [6,7] [8] 非损伤性样品 、博物馆样品 、古代样品 和法 产生较单次扩增更加可靠的分型结果. Taberlet 等 医学样品[9] 中提取的DNA 模板往往降解严重并且容 人[10]改进了这种方法, 对杂合子个体重复进行3 次、纯 易受到污染, 使可供遗传分型的目标 DNA 的质量极 合子个体重复进行7 次阳性PCR, 其分型结果可以达 低(用 10−