降解组测序与剪切位点分析研究进展.pdfVIP

— ５６— 江苏农业科学　２０１４年第４２卷第７期 崔东亚，杨美玲．降解组测序与剪切位点分析研究进展［Ｊ］．江苏农业科学，２０１４，４２（７）：５６－６０． 降解组测序与剪切位点分析研究进展 １ ２ 崔东亚 ，杨美玲 （１．运城学院生命科学系，山西运城０４４０００；２．运城学院应用化学系，山西运城０４４０００） 　　摘要：动植物细胞内都存在大量的ｍｉｃｒｏＲＮＡ（ｍｉＲＮＡ），ｍｉＲＮＡ的功能之一是通过互补指导内切酶切割与之互补 的ｍＲＮＡ，对该ｍＲＮＡ进行转录后调控。但ｍｉＲＮＡ与靶基因之间并不是完全互补，所以通过序列计算方式预测的靶 基因中假阳性也是很高的。单独验证预测的靶基因不能确定是否正确且费时费力，高通量测序与计算预测结合可以 很好地验证和发现ｍｉＲＮＡ的靶基因。介绍了寻找ｍｉＲＮＡ靶基因的降解组测序方法，包括降解组测序的方法原理、试 验流程、ｍｉＲＮＡ靶基因寻找等主要环节。经研究发现，降解组测序已经成为寻找ｍｉＲＮＡ靶基因的常用方法。 　　关键词：降解组；ｍｉＲＮＡ；靶基因；剪切位点；研究进展 　　中图分类号：Ｑ７５４　　文献标志码：Ａ　　文章编号：１００２－１３０２（２０１４）０７－００５６－０４ ［１１］ 　　ｍｉｃｒｏＲＮＡｓ（ｍｉＲＮＡｓ）是一类具有特殊功能的小ＲＮＡ，约 控革命性的技术革新 。近几年，新一代测序技术被广泛应 ［１］ ［１２］ 为２２个核苷酸，具有抑制蛋白质编码基因的功能 ，一些茎 用，如寻找新的ｍｉＲＮＡ 。由于植物中ｍｉＲＮＡ降解靶基因 环结构的ＲＮＡ在核酸酶的作用下将茎环结构的ＲＮＡ剪切加 的机制相对比较清晰，所以新一代测序在分析ｍＲＮＡ降解片 工成ｍｉＲＮＡ。成熟的ｍｉＲＮＡ与ａｒｇｏｎａｕｔｅ（ＡＧＯ）蛋白结合形 段中应用较多。借助于高通量测序分析ｍｉＲＮＡ靶基因的植 成沉默复合体，ｍｉＲＮＡ与靶基因互补，ＡＧＯ蛋白则催化剪切 物有拟南芥、玉米、棉花、草莓、番茄、葡萄、黄瓜、杨树、红豆 ［２］ ［１３－２３］ 靶基因，抑制靶基因翻译蛋白质 。 杉、蝴蝶兰和线虫等众多物种 。 在动物体内ＲＮＡ剪切活性来自ａｒｇｏｎａｕｔｅ２（ＡＧＯ２），在５′剪 如何获得ｍｉＲＮＡ及其降解位点是研究ｍｉＲＮＡ功能的前 切片段留下３′末端羟基（３′—ＯＨ），在３′剪切片段留下５′末端 提。ｍｉＲＮＡ通过互补方式识别靶基因，并将靶基因切割。所 ［３－４］ 单磷酸（５′—ｐ） ，但是在动物体内已证实的ｍｉＲＮＡ的靶 以，传统的研究方法是通过计算机预测和后续的试验验 ［５－６］ ［５］ 基因还很少 。尽管如此，人工构建的ｓｉＲＮＡ（ｓｍａｌｌｉｎｔｅｒ 证 ，在验证过程中须要获得ｍＲＮＡ的５′末端序列；常规方 ｆｅｒｉｎｇＲＮＡｓ）同样可以依据 ｍｉＲＮＡ类似的机制，将靶基因沉 法是通过５′－ＲＡＣＥ技术［２４－２５］，该技术首先利用ｐｏｌｙ（Ａ）分 默，目前已经成为研究靶基因功能的常用试验技术。 离得到ｍＲＮＡ，去掉ｍＲＮＡ的帽子结构并加１个５′接头序列， 动物的ｍｉＲＮＡ通常只有部分序列是可以与靶基因完美 或者直接在ｍＲＮＡ５′末端加入接头。根据接头序列和ｏｌｉｇｏ 互补配对的，这段完美互补配对的序列通常是ｍｉＲＮＡ的第２ （ｄＴ）或特定序列，ＰＣＲ扩增