PIR-PSD蛋白质序列数据库.pptVIP

PIR 国际蛋白质序列数据库(PSD)（）是由蛋白质信息资源(PIR)、慕尼黑蛋白质序列信息中心(MIPS)和日本国际蛋白质序列数据库(JIPID)共同维护的国际上最大的公共蛋白质序列数据库。 是一个支持基因组学、蛋白质组学和系统生物学检索和科学研究的综合公共生物信息学资源。 PIR免费为科学界提供包括蛋白序列数据库（PSD）在内的蛋白数据库和分析工具。 PIR的产生 PIR（Protein Information resouce,蛋白质数据库）的出现先于核酸数据库。在1960年左右，Dayhoff（1925 - 1983）和其同事们搜集了当时所有已知的氨基酸序列，编著了《蛋白质序列与结构图册》。从这本图册中的数据，演化为后来的蛋白质信息资源数据库 PIR是由美国国家生物医学基金会（NBRF）于1984年建立，位于乔治敦大学。 PIR是一个集成了关于蛋白质功能预测数据的公共资源的数据库，其目的是支持基因组/蛋白质组研究。PIR与其他组织合作，共同构成了PIR-国际蛋白质序列数据库（PSD）. PIR的功能 目的： 帮助研究者鉴别和解释蛋白质序列信息， 研究分子进化、功能基因组。 它是一个全面的、经过注释的、非冗余的蛋白质序列数据库。 所有序列数据都经过整理，超过99%的序列已按蛋白质家族分类，一半以上还按蛋白质超家族进行了分 除了蛋白质序列数据之外，PIR还包含以下信息： (1)蛋白质名称、蛋白质的分类、蛋白质的来源； (2)关于原始数据的参考文献； (3)蛋白质功能和蛋白质的一般特征，包括基因表达、翻译后处理、活化等； (4)序列中相关的位点、功能区域。 * 搜索一个G00016 是在哺乳动物中的 一个FGF受体蛋白 韩硕 徐飞 薛刚 费文斌 PIR-PSD 蛋白质序列数据库 发展至今日830,000条非冗余蛋白质序列，提供了36,000多PIR蛋白质超家族，145,000多蛋白质家族，4,000多蛋白质结构域，13,000多模体和555,000多相似的蛋白质聚类信息。 一是基于文本的交互式查询 用户通过关键字进行数据查询。 二是标准的序列相似性搜索， 包括BLAST、FastA等。 三是结合序列相似性、注释信息和蛋白质家族信息的高级搜索 包括按注释分类的相似性搜索、结构域搜索等。 主页的导航条有五大类： Abrout PIR：对网站的历史、发展、 刊物等的介绍； Databases：包括Proclass、Pirsf、PIR—PSD、 PIR—NREF 、Uniprot等数据库集合； Search/Analysis：对蛋白质序列分析的多种途径； Dowload：网站提供的蛋白质序列； Support：一些帮助及其它连接. 蛋白质搜索 网站搜索 G00016 蛋白质一般信息 交叉引用文献 相关蛋白质家族信息 点击此处 此处链接 UniProt databases. 在UniProt database搜索中的结果 蛋白质基本信息 蛋白质家族信息 * 搜索一个G00016 是在哺乳动物中的 一个FGF受体蛋白