不同地理株疟原裂殖子顶端膜抗原1(AMA-1)基因多态性分析.pdfVIP

1 目录 中文摘要 1 ABSTRACT 3 英文缩略词表 5 前言 7 第一部分不同地理株恶性疟原虫顶端膜抗原1 （AMA-1）基因多态性分析9 1 材料与方法 10 2 实验结果14 3 讨论25 第二部分不同地理株间日疟原虫顶端膜抗原1 （AMA-1）基因多态性分析28 1 材料与方法 29 2 实验结果 33 3 讨论 43 结论 46 参考文献 47 附表 51 致谢 54 综述 55 2 不同地理株疟原虫裂殖子顶端膜抗原1 （AMA-1）基因多态性分析 中文摘要 【目的】研究不同疟疾流行区疟原虫裂殖子顶端膜抗原 1 （apical membrane antigen-1, AMA-1）基因序列特征，了解不同地理株疟原虫AMA-1 基因多态性 程度及其分布情况，初步探讨产生多态性的原因与机制，为进一步了解疟疾流行 特征，制定疟疾防制措施以及疟疾疫苗的研制提供分子基础。 【方法】经显微镜检查疟原虫确诊的疟疾病人，征得患者同意后末梢采集滤纸血 3 滴，干燥后密闭于塑料袋并保存于﹣20 ℃冰箱中备用，同时详细进行病案记录。 采用Na HPO 提取滤纸血中DNA ，巢式PCR 扩增含PvAMA-1 Ⅱ区（793bp ）和 2 4 PfAMA-1 Ⅰ区（505bp ）的DNA 片段，电泳鉴定扩增产物，并将扩增产物进行 纯化和测序，利用生物软件进行序列比对分析。 【结果】23 例恶性疟原虫 （pf ）样本中有 18 种单倍型(H=18)， 8 种单倍型是基 因库中所没有的，有32 个多态位点（s=32 ），核苷酸多样度（π）为0.02501 ± 0.00099，非同义突变率与同义突变率差值（dN-dS ）为0.031 ±0.006，中性检验 结果均无统计学意义，重组事件的最低数量（Rm ）为 10。连锁不平衡指数 R2 随核苷酸遗传距离增加处于明显下降趋势。 17 例间日疟原虫 （pv ）样本有产生9 种单倍型，只有1 种（V3 ）是新发现， 在基因库中无 100%吻合的序列， 9 个多态位点（s=9 ）单倍型，核苷酸多样度 （π）为0.00859 ±0.00093，非同义突变率与同义突变率差值（dN-dS ）为-0.00230 ±0.00539,但 Z 检验结果不显著（P=0.648) 。中性检验的结果均无统计学意义， 重组事件的最低数量（Rm ）为2 ，在整个411bp 序列中R2 随着核苷酸遗传距离 增加呈下降趋势并不明显。 【结论】恶性疟原虫样本顶端膜抗原1 （AMA-1）Ⅰ区的具有较高的核苷酸和单 倍型多态性。可作为恶性疟原虫研究的分子标志，对了解恶性疟原虫的遗传特征 具有参考意义。PfAMA-1 Ⅰ区基因多态性的产生可能是选择和基因内重组共同作 用的结果。 1 间日疟原虫样本顶端膜抗原1 （AMA-1）Ⅱ区具有较低的核苷酸和单倍型多 态性，不同地理株间差异不大，因此用于了解间日疟原虫的遗传特征意义不大。 PvAMA-1 Ⅰ区基因可能存在负向选择，而且较少发生减数重组。 研究结果为进一步了解疟疾流行特征，制定疟疾防制措施以及疟疾疫苗的研 制提供分子基础。 【关键词】 恶性疟原虫，间日疟原虫，顶端膜抗原1，基因多态性 2 Study on genetic diversity of plasmodium AMA-1 among different strain Abstract 【Objective 】 Study on the genetic diversity of Plasmodium falciparum apical membrane antigen 1 (PfAMA-1) and the geneti