生物信息学第八课分析.ppt

cDNA芯片与寡核苷酸芯片的设计 cDNA芯片设计的关键在于数据库的建立和数据库信息的利用以及各种文库的建立。 cDNA芯片制备方法一般采用点样法，多用于基因表达的监控和分析。 寡核苷酸芯片制备一般采用在片合成方法。优化是寡核苷酸芯片设计的一个重要环节，包括探针的优化和整个芯片设计结果的优化。 寡核苷酸探针的优化设计 基于芯片的序列分析 １、测定未知序列 早期基于芯片杂交的序列分析实验中，芯片上的探针是长度为k（一般为8）的所有寡核苷酸的组合。这是一种完备的探针集合，根据互补关系，通过各个探针的杂交结果确定DNA靶序列中存在的所有k长度片段，形成靶序列的k长度片段谱，然后根据这些片段重构靶序列。 ２、直接检测目标序列 在同一块芯片上设计多组探针，每一组探针分别检测一条目标序列，探针的长度在20到30之间。一般要求同一组探针之间相互独立，尽可能不重叠或少重叠，以提高探针的敏感性和特异性。 ３、DNA序列突变检测分析 有两种方法可以进行已知突变点的分析: 一种方法是对于目标序列上已知的突变点，以该点为中心，从目标序列选取一个片段，作为设计探针的参考序列。根据参考序列，分别设计四个高度特异的探针，这四个探针除中心位置外均相同并与参考序列互补 另一种方法是对于目标序列上已知的突变点，分别设计四组探针，其中每一组探针分别检测一种核苷酸替换。同一组中的各个探针长度相同，相互之间交叠，并且每个探针均覆盖对应的突变点。 ４、基因型和多态性分析 在同一物种不同种群和个体之间，有着多种不同的基因型，这往往与个体的不同性状和多种遗传性疾病有着密切的关系。通过对大量具有不同性状的个体的基因型进行比较，就可以得出基因与性状的关系。 为了进行SNPs研究，发现目标序列上可能出现的变化，最直接的方法就是根据已知的目标序列设计一系列寡核苷酸探针，其中每一个探针用于检测目标序列特定位置上的核苷酸是否发生变化，探察位置位于探针的中心。这种方法又称等长等覆盖移位法 第二种方法为单核苷酸分析法。针对目标序列每个位置上所有可能出现的变化设计相应的探针。 基于芯片的基因功能分析 １、基因表达分析 基因表达是根据基因的DNA模板进行mRNA和蛋白质合成的过程，各种基因的表达存在差异，一种组织中基因表达水平的差异可达1万倍。功能基因研究的一种重要的方法就是采用高通量基因表达检测技术，全面分析基因的表达水平，了解基因的功能。 ２、高密度基因表达芯片 ３、基因表达图谱 基于芯片的表达监控实验产生大量的数据，在这些数据背后隐藏着丰富的基因相互作用、基因功能信息，需要通过细致的数据分析揭示这些信息，得到有益的结果 这种根据基因芯片获得的新的表达图谱有别于以前的物理图和功能图，它能够更为直接地揭示基因组中各基因相互关系。 ４、寻找基因功能 DeRisi等应用酵母cDNA基因芯片研究在有丝分裂和孢子状态下基因转录和表达水平的差异。 Affymetrix公司制备的酵母基因表达型芯片，包括酵母基因组开放读码框中的260 000个25mer探针阵列。Wodicka 等采用这种基因芯片对不同生活状态下酵母细胞的基因表达进行了研究。 ４、数据分析 基因芯片数据分析包括实验数据管理、数据质量控制、数据处理等 进一步将基因芯片实验数据与公共数据库中的信息相关联，利用数据挖掘方法进行分析处理，揭示各种数据之间的关系，发现新的生物学知识。 基因芯片 生物信息学和基因芯片是生命科学研究领域中的两种新方法和新技术，生物信息学与基因芯片密切相关，生物信息学促进了基因芯片的研究与应用，而基因芯片则丰富了生物信息学的研究内容 基因芯片简介 基因芯片的基本原理及生物信息学的作用 基因芯片（gene chip），又称DNA微阵列（microarray），是由大量DNA或寡核苷酸探针密集排列所形成的探针阵列，其工作的基本原理是通过杂交检测信息。 基因芯片把大量已知序列探针集成在同一个基片上，经过标记的若干靶核酸序列通过与芯片特定位置上的探针杂交,便可根据碱基互补匹配的原理确定靶基因的序列。 根据探针的类型和长度，基因芯片可分为两类。 其中一类是较长的DNA探针（?100mer）芯片 这类芯片的探针往往是PCR的产物，通过点样方法将探针固定在芯片上，主要用于RNA的表达分析。 另一类是短的寡核苷酸探针芯片 其探针长度为25 mer左右，一般通过在片（原位）合成方法得到，这类芯片既可用于RNA的表达监控，也可以用于核酸序列分析。 基因芯片的基本原理及生物信息学的作用 基因芯片 荧光标记的样品 共聚焦显微镜 获取荧光图象 杂交结果分析 探 针 设 计 杂交 基因芯片制备 基因芯片的制备主要有两种基本方法: 一是在片合成法， 在片合成法是基于组合化学的合成原理,它通过一组定位模板来决定基片表