毛竹IDD基因家族的生物信息学分析.pdfVIP

９９８ 核 农 学 报　 ２０１４，２８（６）：０９９８～１００５ Ｊｏｕｒｎａｌ ｏｆ ＮｕｃｌｅａｒＡｇｒｉｃｕｌｔｕｒａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ 文章编号：１０００⁃８５５１（２０１４）０６⁃０９９８⁃０８ 毛竹ＩＤＤ基因家族的生物信息学分析 关　 鹰　 许在恩　 郭小勤 （浙江农林大学亚热带森林培育国家重点实验室培育基地，浙江 临安　 ３１１３００） 摘　 要：ＩＤＤ基因家族编码一种混合型的转录因子，本文通过本地Ｂｌａｓｔ从毛竹（Ｐｈｙｌｌｏｓｔａｃｈｙｓ ｈｅｔｅｒｏｃｙｃｌａ） 基因组数据库获取到了９ 个ＩＤＤ 家族基因，并命名为ＰｈＩＤ１和ＰｈＩＤＤ１－８，其氨基酸序列均具 ＩＤＤ⁃ ｄｏｍａｉｎ结构特征，一个假定的核定位信号、２ 个Ｃ Ｈ 和２ 个Ｃ ＨＣ。 氨基酸理化性质分析发现，ＰｈＩＤＤ ２ ２ ２ 蛋白均为亲水性蛋白，含量较多是丙氨酸（Ａｌａ）、丝氨酸（Ｓｅｒ）和甘氨酸（Ｇｌｙ），全序列等电点分布在８８ ～９７之间，仅ＰｈＩＤＤ２蛋白的等电点为５６。 除ＰｈＩＤＤ２ 外，ＩＤＤ⁃ｄｏｍａｉｎ 的等电点与全序列等电点基本 一致。 ＰｈＩＤＤ蛋白二级结构含量分析发现无规则卷曲和α－螺旋含量最多，β－转角和延伸链分布在整 个蛋白中。 蛋白磷酸化位点预测结果显示磷酸化位点数量在２０ ～２９ 个不等。 三维结构分析显示， ＰｈＩＤＤ１在６３－１７５氨基酸处，会形成α－螺旋，β－折叠及无规则卷曲及明显的锌原子结合位点。 关键词：毛竹；ＩＤＤ基因家族；转录因子；生物信息学 ＤＯＩ：１０１１８６９／ ｊ．ｉｓｓｎ．１００⁃８５５１２０１４０６．０９９８ 　 　 转录因子（反式作用因子）是可以与真核生物启 有些地区的毛竹 １２０ 年也不开花。 鉴于ＩＤＤ 家族各 动子中特定ＤＮＡ序列结合的蛋白质，包括 ＤＮＡ结合 基因多数参与植物生长发育，基于ｐｅｎｇ等［１２－１３］先后 域和转录激活结构域。 通过与启动子顺式元件作用来 测序的毛竹全长ｃＤＮＡ和基因组ＤＮＡ序列，本文利用 激活或抑制基因的表达，在调控植物发育的基因网络 生物信息学方法，鉴定出毛竹中ＩＤＤ 基因家族，分析 中起着非常重要的作用［１－３］。 ＩＤＤ基因家族编码一种 该家族基因的保守性、氨基酸序列特征、一二三级结 混合型的转录因子，包含２个Ｃ Ｈ 和２个Ｃ ＨＣ两种 构，以期为深入研究毛竹ＩＤＤ 基因家族及其参与生长 ２ ２ ２ 锌指结构。 这两个锌指结构与一个核定位信号及其周 发育等方面提供更多的理论基础。 围的序列构成 ＩＤＤ⁃ｄｏｍａｉｎ 的结构特征［４－８］。 研究表 明，ＩＤＤ家族各基因在同物种中行使不同的生物学功 １　 材料与方法 能，多数参与植物生长发育。 水稻ＯｓＩＤ１／ Ｅｈｄ２／ ＲＩＤ１ 和玉米ＺｍＩＤ１基因在各自物种的成花发育中对成花 １１　 材料 转变起着决定性的作用［５－９］。 拟南芥ＡｔＩＤＤ８、１４、１５ 从毛竹数据库（ｈｔｔｐ：／ ／ ２０２１２７１８２２１／ ｂａｍｂｏｏ／ ［１０］ 均参与蔗糖和淀粉代谢 ，ＡｔＩＤＤ１５还调控重力感应、 ｄｏｗｎ．ｐｈｐ）中下载毛竹全基因组序列、ｃＤＮＡ序列及氨 ［１１］ 根的发育 。 ＡｔＩＤＤ５ 正调节淀粉的合成，也调控花 基酸序列，构建本地Ｂｌａｓｔ数据库，以本课题组从孝顺