单核苷酸多态性理论及应用.pptVIP

单核苷酸多态性理 论 及 应 用 Contents 1. SNP概述 2. 常用SNP检测技术 3. SNP的应用 4. 科研进展 5. 存在的问题 SNP概述 SNP概述 有的人吸烟喝酒却长寿，也有人自幼就病痛缠身；同一种治疗肿瘤的药物对一些人非常有效，对另一些人则完全无效。这是为什么？答案是他们基因组中存在的差异。这种差异很多表现为单个碱基上的变异，也就是单核苷酸的多态性（SNP）。 SNP的发展历史 生命世界存在着极其丰富的多样性，这是人类早就认识到但迄今仍在试图解释的现象。 如今，随着分子生物学的不断发展，来自分子水平的信息，尤其是海量的DNA序列数据为人们进一步认识和解释生命多样性提供了前所未有的机会。 什么是SNP SNP的分类 根据SNP在基因组中的分布位置可将其分为基因编码区SNP(cSNP)，基因调控区SNP(pSNP)，基因间随机非编码区SNP(rSNP)等三类。因为编码区内的变异率仅占周围序列的1/5，SNP的总量显著小于其他两类SNP。 从对生物遗传性状影响上看，cSNP又可以分为2种，一种是同义cSNP(synonymous cSNP)，即SNP所导致的编码序列改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基含义相同；另一种是非同义cSNP(non-synonymous cSNP)，指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的但标准序列发生改变，从而影响蛋白质的功能。这种改变通常是导致生物性状发生改变的直接原因。 位于基因调控区的SNP则会影响基因表达量的多少。 单倍型(Haplotype) 在描述SNP时，当前的一致意见是用术语“ haplotype”（ 单倍型）代替术语“allele”（ 等位基因）。 单倍型的定义为在给定的一条染色体的紧密连锁的位点上多个等位基因的集合，通常3-4个相邻等位基因彼此靠近而构成的单倍型可作为一个整体而遗传（ 称为单倍型块，haploblock）（ Edwards et al.,2001;Rafaski,2002），见表1。 常用SNP检测技术常用SNP检测技术 常用非凝胶SNP检测技术 基因芯片技术 基因芯片技术是在固相支持介质上进行分子杂交和原位荧光检测的一种高通量SNP分析方法。 Taqman技术 这种方法也称为核酸外切酶法(5’-nuclease assay) ,是在PCR过程中实现等位特异性杂交,而不需以往等位特异性杂交中样品PCR后分离及洗涤等步骤。 分子信标技术 分子信标是一种新型的发卡结构的寡核苷酸探针,是在样品PCR过程中因和样品DNA 杂交后而使自身荧光构象改变从而实现对SNP的检测。 焦磷酸测序法 四种酶催化同一反应体系中的酶级联反应，包括DNA 聚合酶、ATP 硫酸化酶(ATP sulfurylase) 、荧光素酶(luciferase) 和三磷酸腺苷双磷酸酶( apyrase) 。 原理：DNA 聚合酶在一种dNTP的存在下进行引物延伸反应,而引物的成功延伸将伴随焦磷酸的释放,焦磷酸在荧光素酶的存在下能引一种发化学发光反应,通过发光计的实时监测来达到检测的目的。 SNP的应用SNP的应用 遗传图谱的构建 Cereon Ginomics公司（2001）公开的信息指出，在拟南芥的两个生态型序列中，平均每3.3kb有1个SNP，对这个拥有130Mb的基因组而言，这种碱基转换的变异大约为40,000 个SNPs。Cho et al.（1999）用一种抗真菌病基因Eds16 序列中的237个SNPs 标记在拟南芥中构建了分辨率为3.5cm 的二等位基因遗传图谱。这是第一次在二倍体植物中构建的二等位基因标记的遗传图谱，它所确立的一系列方法也可用于其他植物的SNPs遗传图谱构建。在F2代收获以后，这个二等位基因图谱构建的整个过程花了不到两天的时间，而要用ONF8 标记得到同样的结果须花几个月时间。 DNA指纹的确立 SNPs指纹在区分近缘种的研究中非常有效。例如：红云杉和黑云杉在形态上难以区分，它们和白云杉在北美地区又是分布区重叠的种。为了鉴定3个近缘种之间的多态性，Germano（1999）从每个种代表不同地理群体的3 个个体取样，对叶绿体trnK 的内含子、trnK、rpl33-psaJ-trnK区域以及核DNA的ITS 区域进行测序，结果发现了13个叶绿体的和12个核DNA的种间SNPs，其分布如图所示。 这些方法简单而灵敏，通常比等位酶、RELP 和RAPD 等分子标记更为有效。 其他应用 SNPs还在 人类基因单体型图谱的绘制； 疾病易感的相关性分析； 指导用药和用药分析等方面 有诸多应用。 科研进展