玉米YABBY基因家族的全基因组鉴定与分析.pdfVIP

江苏农业学报 (Jiangsu．，．ofA Sci．)，2014，30(6)：1267～1272 http：／／www．jSnYXb．con 葛 敏，吕远大，张体付 ，等．玉米 YABBY基因家族的全基因组鉴定与分析[J]．江苏农业学报 ，2014，30(6)：1267—1272 doi：10．3969／j．issn．1000-4440．2014．06．013 玉米 YABBY基因家族的全基 因组鉴定与分析 葛 敏， 吕远大， 张体付， 李 坦， 张晓林，赵 涵 (江苏省农业科学院农业生物技术研究所／江苏省农业生物学重点实验室，江苏 南京 210014) 摘要： YABBY基因家族作为植物特有的转录因子家族，在调控植物侧生器官发育中发挥重要作用。本研究 利用玉米全基因组数据分析玉米 YABBY基因家族，阐明该基因家族成员结构、系统进化发育关系以及基因家族成 员在玉米不同组织及不同发育时期的表达谱。结果显示 ，玉米参考基因组中存在 13个 YABBY基因，命名为ZmY- ABBY1一ZmYABBY13，根据系统发育关系和序列相似性将该基 因家族分为4亚类s1～S4。RNAseq数据显示玉米 YABBY基因在籽粒、茎和茎端分生组织 (Shootapicalmeristem，SAM)、幼胚及叶片中有较高表达，预示玉米 YABBY 基因可能在上述器官发育中发挥调控作用。本研究结果为进一步解析该基因家族的功能奠定了研究基础。 关键词： 玉米；YABBY；转录因子；表达谱 中图分类号： $634．3 文献标识码： A 文章编号： 1000-4440(2014)06—1267-06 Genome—wideidentification andanalysisofYABBY genefamilyinmaize GEMin， Lt3Yuan—da， ZHANGTi．fu， LITan， ZHANGXiao—lin， ZHAOHan ( ￡￡eofAgro-biotechnology／ProvincialKeyLabofAgro—biology，JiangsuAcademyofAgriculturalSciences，Nanjing210014，China) Abstract： YABBYgenefamily，asagroupofplant—specifictranscriptionfactors，isinvolvedinthedevelopmentof lateralorgansinplants．BasedonmaizeV3genomesequence，agenome-wideoverviewofgenefamilyinmaizewaspresen— ted，includingthegenestructures，phylogeny，andmRNA expressionatlasin18differentdevelopmentstages．Theanaly— seshaverevealed13 YABBYgenesexistinginmaizegenome，namedZmYABBY!-ZmYABBY13．Accordingtothephyloge— neticrelationshipsandsequencesimilarity，thegenefamilywasdividedinto4subgroups(S1一S4)．YABBYgeneexpres— sionprofilinganalysisshowedthatsomegeneswerehighlyexpressedindevelopingseed，stem andshootapicalmeristem (SAM)，embryoandleaf，suggestingYABBYgenesmayplayanpositiveroleinthedevelopmentofthesetissues．Thepre— liminary genomicsanalysislaysafoundationforfuturefunctionaldissectionofYABBYfamilygene． Keywords： maize；YABBY；transcriptionfactor；expressionprofiling 背腹 (Adaxial／Abaxia1)极性是植物侧生器官发 基因家族的研究发现，YABBY基因在背腹