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真核生物的启动子有其特殊性，真核生物有三种RNA聚合酶，每一种都有自己的启动子类型。以RNA聚合酶Ⅱ的启动子结构为例，人们比较了上百个真核生物RNA聚合酶Ⅱ的启动子核苷酸序列伯发现；在-25区有TATA框，又称为Hogness框或Goldberg-Hogness框。其一致序列为T28A97A93A85A63T37A83A50T37，基本上都由A，T碱基所组成，实验表明，TATA框决定了转录起点的选择，天然缺少TATA框的基本可以从一个以上的位点开始转录。在-75区有CAAT框，其一致的序列为GGTCAATCT。有实验表明CAAT框与转录起始频率有关。 三）原核基因转录的起始 原核生物转录起始可分为四个阶段： ①核心酶在δ因子参与下接触到DNA上； ②RNA聚合酶识别启动子并与之结合，形成封闭性的起始复合物； ③酶结合在-10区，启动子活化；然后解开双链，暴露模板链； ④酶移动到转录起始位点，加上第一个核苷三磷酸，形成三元复合物，转录开始。 四）真核基因转录的起始 　真核生物转录起始十分复杂，往往需要多种蛋白因子的协助，已经知道，在所有的细胞中有一类叫做转录因子的蛋白质分子，它们与RNA聚合酶Ⅱ形成转录起始复合物，共同参与转录起始的过程。 　真核生物基因中，有专门为蛋白质编码的基因，这些基因由RNA聚合酶Ⅱ负责进行转录起始关键性作用。根据这些转录因子的作用特点可大致分为二类