番茄青枯雷尔氏菌致病力分化的全基因组教程分析.docVIP

番茄青枯雷尔氏菌致病力分化的全基因组分析 Whole-Genome Analysis of Tomato Ralstonia Solanacearum Pathogenicity Differentiation 摘要 青枯雷尔氏菌（Ralstonia solanacearum）是一种生长在土壤中的植物病原细菌，可在300多种单双子叶植物中引起毁灭性的细菌性青枯病，对植物的危害极大。青枯雷尔氏菌菌株存在着致病力分化的现象，无致病力菌株可侵染寄主植物却不引起寄主发病。目前国际上，尚未见无致病力青枯雷尔氏菌基因组测序的相关报道，通过本项目研究，获得青枯雷尔氏菌无致病力菌株和强致病力菌株的基因组，为青枯雷尔氏菌致病力分化研究奠定基础。 本文分别对青枯雷尔氏菌和进行Solexa测序利用Velvet进行e novo拼接，个框架序列个框架序列91和FJAT-1458的基因组规模分别为5. Mb和5.Mb；GC含量均为66%左右。 数据量和覆盖率，共检测到SNP。 通过Prodigal预测基因共获得6556个FJAT-91基因，7060个FJAT-1458基因，其中部分基因未达到全长；基因密度均为79%左右。通过IMG和Swiss-prot对预测基因进行同源注释。 将新测序的FJAT-91和FJAT-1458，同已测序完成的青枯雷尔氏菌GMI1000、PSI07、CFBP2957、CMR15、Mo