序列的比对分析.pptVIP

序列比对的目的： 从核酸以及氨基酸的层次去分析序列的相同点和不同点，以推测他们的结构、功能以及进化上的联系 通过判断两个序列之间的相似性来判定两者是否具有同源性 相似性：直接的数量关系，如：序列之间相似部分的百分比 同源性：质的判断，两个基因在进化上是否曾有共同祖先的推断 本地运行BLAST 下载（/blast/executables/blast+/LATEST/） 安装（安装到C:\） 数据库的格式化（formatdb） 程序运行（blastall） 本地数据库的构建 查看db文件 数据库的格式化 formatdb命令用于数据库的格式化： formatdb [option1] [option2] [option3]… formatdb常用参数 -i database_name 需要格式化的数据库名称 -p T\F 待格式化数据库的序列类型 （核苷酸选F；蛋白质选T；默认值为T) 例：formatdb -i db -p T 程序运行 blastall命令用于运行五个blast子程序: blastall [option1] [option2] [option3] *可在dos下输入blastall查看各个参数的意义及使用 blastall常用参数 四个必需参数 -p program_name,程序名，根据数据库及搜索文件序列性质进行选择； -d database_name,数据库名称,比对完成格式化的数据库； -i input_file,搜索文件名称； -o output_file,BLAST结果文件名称； 两个常用参数 -e expectation，期待值,默认值为10.0，可采用科学计数法来表示，如2e-5； -m alignment view options:比对显示选项，其具体的说明可以用以下的比对实例说明 例：blastall -p blastx -d db -i in -o out -e 2e-5 -m 9 (表格显示比对结果) 上机实习2:本地运行blastx 进入DOS命令行提示符状态（“运行”?cmd） 进入C盘“cd\” 进入包含序列数据的bin目录下“cd Blast\bin” 察看目录下内容“dir” 格式化数据库db“formatdb -i db -p T” 运行blastx “blastall -p blastx -i in -d db -o out -e 2e-5 -m 9 ” 察看结果“more out ”或在 windows下双击打开 多序列比对的目的 从物种的一些分子特性出发，从而了解物种之间的生物系统发生的关系。 通过序列同源性的比较进而了解基因的进化以及生物系统发生的内在规律。 · 本地运行ClustalX 17-RNASE1.fasta 多序列比对 （Multiple Alignment） 分子进化遗传分析工具（MEGA 5） MEGA5 适用于构建进化树，挖掘数据库信息，估计分子进化率，推断祖先序列等项目。该工具包能基于网络数据库，检索、获取序列数据，进行序列比对；然后通过编辑和整理，制作出样式精美的树形图。 构建系统进化树 MEGA5 工具栏中的Phylogeny提供5种常用系统进化树的构建方法： Maximum Likelihood, ML最大似然法 Neighbor-Joining，NJ 临位连接法 Minimum-Evolution，ME 最小进化法 Maximum Parsimony，MP 最大简约法 UPGMA 除权配对法 以上5种方法原理不同，但构建方法基本一致。通常对分化程度较大的远缘序列选择ML、NJ、ME，近缘序列可采用MP或UPGMA。 可在Alignment下拉菜单中的Alignment Parameters中设定各个参数 点击Alignment下拉菜单中的Do Complete Alignment进行比对 比对结果 “*”、“:”、“.” 和空格依次代表改位点的序列一致性由高到低 空位罚分，该分值越高，序列联培中空位越少 空位延伸罚分，该分值越高，序列联培中空位越短 蛋白序列匹配权重矩阵类型 进化树的可靠性分析 BootstrapMethod 从排列的多序列中随机有放回的抽取某一列，构成相同长度的新的排列序列 重复上面的过程，得到多组新的序列 对这些新的序列进行建树，再观察这些树与原始树是否有差异，以此评价建树的可靠性 至少进行100次重复取样 原始数据多 序列比对结果 对序列中每个 位置重复抽样， 基于原比对结果 生成多个样本 树上的数字为Bootstrap校验值，表示该分支通过Bootstrap校验的次数占总次数的百分比，该数值越大，即表示构建进化树的可信度越高；大于70的Bootstrap