分子标记概述：教案分析.pptVIP

ISSR标记特点 Five Four Three Two One 技术简单 检测迅速，容易 灵敏度高，特异性强 具有高的多态性 稳定可靠，重复性好 用6%的聚丙烯酰胺进行电泳分离，用EB或银染后放入可见光或紫外光下观察，统计带纹的有无及相对位置。 在PCR 仪上对基因组中的SSR 间序列进行扩增。扩增步骤与RA PD技术相似, 但不同引物、不同植物材料的扩增条件存在差异, 需通过预备实验 对体系反应加以设计 可采用常规方 取用于ISSR 分析的DNA 样品,如SDS 法或CTAB 法 DNA提取 PCR扩增 电泳检测 SRAP标记法（Sequence—related Amplified Polymorphism） 利用基因外显子里G、C含量丰富，而启动子 和内含子里A、T含量丰富的特点设计两套引物， 对开放读码框架（ORFs）进行扩增。 原理 SRAP标记特点 技术简单快速 引物设计简单 具高多态性信息量丰富 在基因组中分布均匀 稳定可靠重复性好 ONE TWO THREE FOUR SRAP 标记的 引物设计 SRAP - PCR 扩增 凝胶电泳 分析 扩增产物 检测与片 段测序 SRAP标记 的步骤 SNP标记（Single Nucleotide Polymorphism） 原理 单个核苷酸的变异而引起基因组水平上的DNA序列多态性，形式包括单碱基的缺失、插入、转换及颠换等 不同生物个体基因组DNA序列之间单个核苷酸的差异，这种差异可以通过设计特异PCR引物扩增和电泳检测显示出来。 位点丰富、分布广泛 具有更高的遗传稳定性， 尤其是处于编码区的SNP 检测快速、易于实现自动化分析 富有代表性 二态性和等位基因性 SNP标记 特点 6种分子标记方法比较 DNA质量要求 DNA检测范围 遗传特点 多态性 技术难度及重复性 RFLP 高 低拷贝区 共显性 中等 高、高 RAPD 低 整个基因组 显性 较高 中等、低 SSR 中高 重复序列区 共显性 高 低、高 ISSR 中高 重复序列区 显性 高 低、低 SRAP 低 整个基因组 共显性 高 低、低 SNP 高 整个基因组 共显性 高 高、高 DNA分子标记 目录 概述 1. 常用分子标记技术原理及操作 2. 几种分子标记方法比较 3. 分子标记在园艺植物中的应用 4. 1、基本概念 遗传标记 指可追踪染色体、染色体某一节段或者某个基因座在家系中传递的任何一种遗传特性。是表示遗传多样性的有效手段，可以明确反映遗传多态性的生物特征。它具有两个基本特征，即可遗传性和可识别性。 分子标记 是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，直接在DNA水平上检测生物个体之间的遗传差异，是DNA水平遗传多态性的直接的反映 常用遗传标记的类型 细胞学标记 生化标记 分子标记 3 形态标记 1 2 4 广义的分子标记是指可遗传的并可检测的DNA序列或蛋白质 分子标记 狭义分子标记是指能反映生物个体或种群间基因组中某种差异的特异性DNA片段 DNA分子标记的优势 直接以DNA的形式表现，在生物体的各 个组织、各个发育阶段均可检测到，不受 季节、环境限制，不存在表达与否等问题 自然界存在许多等位变异， 无需人为创造，多态性高 遍布整个基因组， 可检测的基因座位是无限的 理想的分子标记 具有高 的多态性 共显性 遗传 检测手段 简单快速 选择中性 分子标记 均匀分布于 整个基因组 能明确 辨别等 位基因 遍布整 个基因组 成本低，重复性好 以PCR为基础 的分子标记技术 例如 SSR（1982） RAPD（1990） AP-PCR（1990） AFLP （1993） ISSR （1994） SAGE （1995） 第二类分子标记 以Southern杂交 为基础的分子标 记技术 例如 RFLP（1974） 第一类分子标记 以单核苷酸多 态性为基础的 分子标记技术 例如 SNP（1998） SRAP（2001） TRAP（2003） 第三类分子标记 DNA分子标记产生的分子基础 PCR技术 基因组DNA 限制性 内切酶 引物 DNA聚合酶 带电荷的物质在电场中的趋向运动 电泳 核酸分子由于带负电荷，在电场中向阳极 定向运动 核酸电泳 PCR反应步骤 高温变性 低温退火 中温延伸 使DNA双链解开 让引物与单链模板互补结合 以互补的引物为复制起点，dNPTs为原料，进行复制。 核酸电泳 常用分子标记方法 SSR RAPD SRAP ISSR RFLP SNP RFLP标记法（Restriction Fragment Length Polymorphism） 不同材料的DNA用已知的限 制性内切酶消化后，产生许多大小 不等的DNA片段，电泳分离、