-统计学方法分析报告.pptVIP

FDR校正 ? p.adjust p.adjust(p, method = p.adjust.methods, n = length(p)) p.adjust.methods # c(holm, hochberg, hommel, bonferroni, BH, BY, fdr, none) 例p-c(0.0003,0.0001,0.02) p.adjust(p,method=fdr,n=length(p)); 采用的阈值足够大（如10），我们对鉴定出的差异表达就更加确信，但许多表达差异不是很大的基因就会漏掉。反过来，如果设定的阈值较小，虽然能够鉴定出更多的差异表达，却会以较高概率引入假阳性。 * * Y：a numeric vector; ignored if x is a matrix. Correct：No correction is done if simulate.p.value = TRUE. simulate.p.value： a logical indicating whether to compute p-values by Monte Carlo simulation. B：an integer specifying the number of replicates used in the Monte Carlo test. * 例如，