上海交大第9章生化(刘建华)摘要.pptVIP

* * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * 图9.37 EcoRV识别序列的结构。（A）识别序列是围绕轴（绿色）的旋转对称序列。（B）EcoRV识别序列的倒置重复具有二重旋转对称。 限制性核酸内切酶也有相应的对称结构：二聚体酶的两个亚基也是二重旋转对称结构。酶与识别序列结构匹配有助于酶对DNA配体（即底物）的识别。蛋白质与带有识别序列的DNA分子形成的复合物结构证实酶与底物分子结构相似（图9.38）。酶紧紧地拥抱DNAs。 图9.39 EcoRV拥抱DNA底物分子之间形成的氢键。右边EcoRV分子的一个DNA结合环（绿色）与配体DNA分子之间的结合。图B显示与CG碱基对形成氢键的EcoRV酶蛋白分子的氨基酸残基，图C显示与TA碱基对形成氢键的EcoRV酶蛋白分子的氨基酸残基 图9.40 识别位点的扭曲。DNA用球-棒模型表示。DNA双螺旋轴用红线表示。与酶结合发生明显扭曲。B型DNA双螺旋轴是直的(没有绘出)。 图9.41 EcoRV与配体及非配体DNA分子的结合。非配体DNA(橘色)和配体DNA(红色)与EcoRV酶蛋白分子的结合。注意非配体DNA与蛋白质结合因距离太远，无法构建完整的Mg 2+结合位点。 图