2011春生物信息学上机考核题和要求.docVIP

考查题 从生物信息数据库中检索近缘物种某一种基因或蛋白质近年来的相关记录，从中选取6条以上序列进行多序列比对，并在此基础上构建系统发育树。 要求： ①用A4纸打印；页眉为2.5，页脚为2，左边距为2.5，右边距为2。 ②第一页第一行左上角为“生物信息学课程考核”，左对齐，黑体5号字体；第三行为班级、姓名和学号，楷体小4号，右对齐。 ③题目“×××基因（或蛋白质）序列系统发育分析”居中，宋体4号字体，加粗。 ④简要描述步骤。如序列获得、序列GenBank登录号、多序列比对、系统发育树构建等。 生物信息学课程考核 自噬基因序列系统发育分析 学院：生命科学与技术学院　　班级：08（2） 姓名：杨彬 　学号步骤： 1、序列获得：①进入NCBI主页，点击“Entrez”按钮进入Entrez查询系统，点 击“Nucleotide”按钮选择核酸序列数据库 ②点击“Limits”按钮，在检索栏中填入“Autophagy”，选择 “Title word”，点击“Search”按钮 2、序列GenBank登录号：HQ447598.1，HQ447703.1，HQ447996.1，NM121735.4， XM003341563.1，XM003341564.1 多序列比对： ①将获取的六条基因序列以纯文本文档保存 ②点击Clustal x.exe图标进入界面 ③点击File下拉菜单下的Load sequences按钮，导入纯文本文档 ④点击Alignment下拉菜单下的Do complete Alignment按钮，弹出对话框，点击ALIGN 按钮，执行多序列比对，保存生成的结果到指定的路径目录下 ⑤点击Mega2图标进入界面 ⑥点击File下拉菜单下的Convert To MEGA Format按钮，导入经Clustal X软件比对好的文档，将其转换为MEGA格式文档并保存 ⑦关闭其他窗口，返回主界面；点击主界面上的Click To activate a data file按钮，打开转换好的MEGA格式文档，选择序列类型 ⑧点击页眉上的下拉菜单，执行相关分析内容 保守位点： 变异位点： 简约信息位点：（在所有群体中=2个变异的位点） 在所有群体中只有1个群体中发生变异的位点： 四种碱基及密码子第1、2、3位在各群体中的使用概率 Transitions only：转换的百分率 Transvertions only：颠换的百分率、 系统发育树构建： 系统发育树可靠性检验：