计算材料学讲稿--4.docVIP

第四周 计算材料学——Materials Studio 本专题的目的 通过实例让学生掌握基于第一性原理的量子力学软件，并会用该软件进行简单结构模型的建立和计算。 Materials Studio特点 Materials Studio有一系列适合材料建模特点。Materials Visualizer为Materials Studio提供了核心的建模能力和软件基础。 Materials Visualizer包括以下特点： ·模型三维可视化，有很多显示样式、参数和测量工具。 ·草画和编辑分子模型，包括金属有机化合物。 ·构造晶体。 ·构造高聚物。 ·构造表面、层、真空板状结构。 ·分子和周期系统的对称性寻找及编辑工具。 ·图形、图表和电子表格形式显示数据。 ·使用Materials Studio工程进行数据处理。 ·高质量打印输出。 ·管理监视服务器计算工作的工具。 另外还有集成到Materials Studio中的独立产品，它们建成了一个范围广泛的材料建模工具。从1纳米到1微米，从千万亿分之一到兆分之一、十亿分之一秒（纳秒）到秒。 ·Amorphous Cell－非晶态材料的建模和性质预测，尤其适于高聚物、有机液体和它们的混合物。 ·CASTEP－适用于固体材料的基于量子力学的第一原理平面波赝势软件。 什么是客户机/服务器 客户机组件，如Materials Visualizer，请求服务器组件，如Discover，作一些计算。当计算完成或达到一定的进度，结果从服务器传到客户机。客户机和服务器并不一定在同一台电脑上运行。客户机／服务器结构系统：有一台或多台服务器以及大量的客户机。服务器配备大容量存储器并安装数据库系统，用于数据的存放和数据检索；客户端安装专用的软件，负责数据的输入、运算和输出。 客户机和服务器都是独立的计算机。当一台连入网络的计算机向其他计算机提供各种网络服务(如数据、文件的共享等)时，它就被叫做服务器。而那些用于访问服务器资料的计算机则被叫做客户机。严格说来，客户机／服务器模型并不是从物理分布的角度来定义，它所体现的是一种网络数据访问的实现方式。 Materials Studio客户机/服务器结构怎样工作的？ Materials Studio使用了称之为Disconnected Server结构（DSA），DSA使用HTTP协议在客户机/服务器间传递信息，就是运作Web的技术。 客户机/服务器间的信息传递由称为网关的软件处理，它安装在服务器端。网关接受客户机的工作提交并传给安装在服务器上的代码，然后计算就开始了。网关也向客户机报告计算进度和结构。 你可以在任何电脑上建立网关，无论是UNIX，Windows还是Linux，在任何你喜欢的服务器上进行计算，如果Materials Studio服务器相关组件安装在那台电脑上。从客户机上很容易安装网关。 如果有一台PC运行Windows NT，2000或者XP操作系统，你就可以在同一台电脑上运行客户程序和服务程序。 下表列出了客户机和服务器在不同操作系统下的要求：（课件） 通过Materials Studio客户机/服务器结构，你可以从PC客户端向专用的Windows NT/2000/XP、UNIX或Linux服务器提交计算。工作可以在不连接模式下计算，这样他们与你PC上的资源无关。你可以在PC上注销，工作照样在服务器上运行。当你重新在PC上登录时，你可以看到计算进度或结果。这些计算也可以在运行Windows NT/2000/XP的计算机上本机运行。 客户机可以在任务运行时和它传递信息。例如在分子动力学模拟过程中，模型和图形可以动态更新，Discover发送回来的信息可以显示在文本文件中。你可以按自己需要选择这些的结合。任务和服务器状态状态都可以浏览。 Materials Studio在哪里计算？ Materials Studio不同模块计算需要的资源不同。计算可以分为两大类来考虑： A类——这些计算只需要很短的时间和很少的计算资源，它们并不经过网关或客户机/服务器结构。这类模块一直安装在客户端电脑里。 B类——这类计算需要很长的时间和很多的计算资源，自然它们运行在专用的服务器上。它们以任务来运行，使用网关，由客户机/服务器结构控制。这类模块安装在运行UNIX/Linux或Windows NT/2000/XP的服务器上。 下表总结了此版Materials Studio每个模块所属计算种类和操作系统要求。 Materials Visualizer Materials Visualizer是Materials Studio的核心模块，提供建模、分析和可视化的工具。清晰直观的用户界面提供了高质量的Windows标准环境，你可以添加任何其它的Materials Studio模块。