分子生物学课件6.docVIP

RNA转录 (RNA transcription) 第一节 转录概述 一、基本概念 转录(transcription)：是指以DNA为模板，在依赖于DNA的RNA聚合酶催化下，以4种NTP（ATP、CTP、GTP和UTP）为原料，合成RNA的过程。 以Double Strand DNA中的一条单链作为转录模板(转录的不对称性！) 有义链 sense strand 编码链 coding strand: 指不作模板的DNA单链 反义链 (antisense strand) 模板链 template strand: 指作为模板进行RNA转录的链 DNA RNA 5’----AUGAGUA----3’ 模板链并非永远在同一条单链上 转录单位：起始点→终止子。转录起点: ＋1，上游记为负值，下游记为正值 一个转录单位可以包含一个以上的基因 初级转录体(primary transcript )：转录的最初产物。 转录泡 DNA链分开形成转录泡。以DNA一条链为模板按碱基互补配对原则合成RNA。 当RNA聚合酶结合到启动子上时，转录泡形成。 当RNA聚合酶沿着DNA移动时，转录泡也随之移动，其后的DNA双链体重新形成双链旋。同时RNA链逐渐增长。 三、转录阶段：promotion, elongation, termination 三过程 第二节 原核生物RNA转录的起始 (RNA Transcription promotion in prokaryots) 一、原核生物的RNA polymerase (E. coli) 1、全酶 (Holo Enzyme)和核心酶(Core Enzyme) 此外，新发现的一种ω亚基的功能尚不清楚。 2、各亚基的特点和功能 （1） σ 因子 ★ 使 Holo-enzyme识别Sextama Box, 与模板链结合 ★ 修饰 RNApol 构型，降低全酶与DNA的非专一性结合力（107/mol）增强全酶与R, B site的专一性结合力 (1014/mol)δ亚单位被认为与启动子识别特异性相关 ★ σ因子与核心酶之间可逆结合 σ因子或者在起始之后被释放，或者改变和核心酶的结合使得它不再参与DNA的结合。 由于σ因子的数量少于核心酶，所以核心酶需要σ因子的循环再利用 （2）α因子 ★ 核心酶的组建因子 α+α→ 2α+β +β’ ★ 促使RNApol与DNA 模板链上游转录因子结合 ★ 位于前端的α因子使双链解链为单链 ★ 位于尾端的α因子使单链新聚合为双链 ★ 在启动子识别中起作用。 （3） β因子 ★ 促进RNApol＋NTP RNA elongation ★ 完成NMP之间的磷酸酯键的连接 ★ Editing 功能（排斥与模板链不互补的碱基） ★ 与Rho （ρ）因子竞争RNA 3’- end ★ 构成Holoenzyme 后，β因子含有两个位点 I site（initiation site . Rifs）： 该位点专一性地结合 ATP或者GTP （需要高浓度的ATP或GTP） E site（elongation site RifR）：对NTP非专一性地结合（催化作用和Editing功能） β’ 因子 参与RNA非模板链（sense strand）的结合充当SSB） 由于各亚基的功能，使全酶本身含有五个功能位点 有义DNA链结合位点（ β’亚基提供） DNA/RNA杂交链结合位点（β亚基提供） 双链DNA解链位点（前端 α亚基提供） 单链DNA重旋位点（后端α亚基提供） σ因子作用位点 Rifampin对RNApol 的抑制表现 ?? Rif紧密与β亚基结合 Rif 与A/GTP对I site的竞争→ 阻止 ATP/GTP对I site 的填充 当I, E site被pppXpY(2NMP)填充， Rif 能阻止RNApol的前进 当I, E site被pppXpYpZ(3NMP)填充， Rif失去抑制效应 Rifampin是RNA合成起始的抑制剂 二、 Promoter 的结构与功能 ( Prok. E.coli ) ——rrnB P1 promoter 1. 核心启动子 （1） Sextama 框（Sextama Box） § -35序列，RNA聚合酶的松弛（初始）结合位点， § RNA聚合酶依靠其σ亚基识别该位点—识别位点（R位点） § 大多数启动子中