如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA详解.docVIP

如何使用Canoco软件对DGGE图谱数据进行主成分PCA分析 已有 3397 次阅读?2013-7-23 00:59?|系统分类:科研笔记|关键词:Canoco DGGE PCA1步，DGGE图谱数据的整理 简单明了些，将Quantityone或者类似软件分辨匹配后得出的DGGE条带的相对百分亮度数据整理到excel表格中。格式如下图，即纵向从上往下为样品编号，条带编号则在第一行从左往右，表格中填入对应条带的相对百分亮度值。比如，条带3在泳道1中的亮度为0.591841.此表是本人某论文的原始数据的一部分。 ? 第2步，DGGE图谱数据的导入。 使用Canoco软件进行相关分析。Canoco在不少论坛，比如普兰塔等，都有破解版下载。大家运行的时候只要调整下电脑系统时间到2002年以前即可（最新破解版似乎不需要这么麻烦了）。Canoco不能直接识别excel格式的数据。必须将DGGE图谱的条带数据转化为能识别的.dta后缀的文件才可以进行后续的PCA等相关分析。具体操作如下：在excel表格中，将条带数据连同样品编号和条带编号一起鼠标选择，Ctrl + C?拷贝。然后“开始”-“程序”下找到Canoco的子程序WcanoImp，这个子程序是专门导入数据的。程序会弹出如下对话框： 如果你的条带矩阵数据有很多0值，可以将最后的“Save in Condensed Format”勾上，至