6基因组序列注释一寻找DNA序列中的基因6讲解.pptVIP

Xiaofang Xie College of Life Science Fujian Agriculture and Forestry University E-mail:xxf317@ 寻找DNA序列中的基因 – 通过ORF来识别基因 由于原核生物基因组中没有内含子，而且很少有间隔序列，因此这种简单的ORF搜索方法在原核生物中的应用十分有效。但是，该法在真核生物中却效果很差，这是因为真核生物中存在内含子和大量的间隔序列及重叠基因和基因内基因等情况。所以，不能用简单的ORF搜索方法来识别真核生物的基因。 4、内含子和外显子的序列组成的不同 1、内含子的A/T比例明显高于外显子。 GENSCAN的网址： /GENSCAN.html 基因组序列的注释 – 通过同源来识别基因 基因数据库中不仅存有已知功能的基因序列，而且还存有大量的未知功能的基因的表达序列（cDNA）。目前许多重要植物中都在进行大规模的cDNA序列工作。因此，以后通过同源搜索确定基因将变得非常容易。 基本概念 孤独基因：在基因分类时，那些缺少同源序列的ORF被称为孤独基因。 同源性：指起源于同一祖先但序列已经发生变异的序列。 一致性：是指同源DNA序列的同一碱基位置上相同的碱基成员或蛋白质中的同一氨基酸位置相同的氨基酸成员的比例。 相似性：同源蛋白质的氨基酸序列中的一致性氨基酸和可取代氨基酸所占的比例。 实验确认基因 1. 杂交可以检验某一片段是否含有表达序列 2. 由EST和cDNA指认基因 3. 精确定位转录物末端的方法 4. 准确定位外显子-内含子边界 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 基因组序列的注释 – 基因之间序列的比较 将两条序列相同的元素标在点阵（dot matrix）里。若两条序列是相同的，则会沿点阵的对角线方向形成一条直线（左图）；而两条无关的序列之间相同元素的点在点阵中则是无序分布的（右图）。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 基因组序列的注释 – 酵母基因组序列同源搜索结果 30％为原来已鉴定的基因；30％为同源分析鉴定的基因；10％为数据库中存在同源序列，但功能未知，称为孤儿家族；剩下30％在数据库中无同源序列，其中7%很可能不是基因，23％看起来像基因，称为单身孤儿。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 4、可通过同源比对进行验证 原理？ 风险？ COLLEGE OF LIFE SCIENCE COLLEGE OF LIFE SCIENCE COLLEGE OF LIFE SCIENCE * 解读基因组序列(一) So Many Choices, So Little Money What to do next? GENOMICS 基因组的基本结构 基因组研究的首要目标是获得生物的整套遗传密码。最终目的：揭示大量基因及蛋白质数据中所蕴藏的内在规律，从而更好地认识生命体。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 基因组学研究已从结构基因组---功能基因组 为了得到基因表达的功能图谱: 1)在核酸层次上是---DNA芯片技术; 2)在蛋白质层次上是----二维凝胶电泳和测序质谱技 术，等 大规模基因功能表达图谱的分析---无论是生物芯 片还是蛋白质组技术的发展都更依赖于生物信息学理 论、技术与数据库的发展。 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 基因组序列注释genome annotation 基因组功能注释为功能基因组学的主要研究目标，包括应用生物信息学的方法，高通量地注释基因组所有编码产物的生物学功能。该领域已成为后基因组时代的研究热点。 GENOMICS COLLEGE OF LIFE SCIENCE 寻找DNA序列中的基因 COLLEGE OF LIFE SCIENCE 1、依据基因结构的特点采用abinition软 件预测； 2、同源性比较，在同一物种或不同物种 中查找已有的基因序列； 3、基序（motif）和功能域（domain）分 析，主要用于基因功能分析。 根据基因结构特征搜寻基因—— 通过ORF来识别基因 1、起始密码子和终止密码子 起始密码子： ATG 终止密码子： TAA， TAG，TGA 2 、ORF:以起始密码子(通常为ATG)开始，以终止密码子(TAA， TAG，TGA)结束的一段DNA序列。 COLLEGE OF LIFE SCIE