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生物信息学 第四章 多序列比对 内容提要 多序列比对的意义 多序列比对的算法（clustal法） Clustalx的使用（实例分析） 比对结果的编辑与美化 多序列比对 多序列比对de意义 1.比较基因组学研究，不同物种中，许多基因的功能保守，序列相似性较高，通过多条序列的比较，发现保守与变异的部分，以便了解一个基因家族的基本特征，如motif，保守区域等。 2.用于描述一个同源基因之间的亲缘关系的远近，是分子进化分析中构建进化树的必须步骤。 3. 其他应用，如构建profile，打分矩阵等。 多序列比对的方法 同源性分析中常常要通过多序列比对来找出序列之间的相互关系，和blast的局部匹配搜索不同，多序列比对大多都是采用全局比对的算法。这样对于采用计算机程序的自动多序列比对是一个非常复杂且耗时的过程，特别是序列数目多，且序列很长的情况下。 Recall: 双序列比对 多序列比对：最优算法 动态规划算法：全空间 动态规划算法：hyperlattice 注意 1. 最优的多序列比对，其两两序列之间的比对不一定最优。 MSA: 多序列比对的打分 多序列比对：方法改进 1. 渐进方法：progressive methods; 代表：ClustalW/X, T-Coffee, MUSCLE 2. 迭代方法：iterative methods; 代表: PRRP, DIALIGN 3. 部分有向图算法：Partial Order Algorithm (POA) 4. 全局多序列比对的隐马尔科夫模型：profile HMM 5. 整合算法：meta-methods (1) ClustalW/X 1. Clustal: 1988年开发 2. ClustalW: 1994年，Julie D. Thompson等人改进、开发 3. ClustalX: 1997年，图形化软件 最常见的就是clustal所采用的步进方法。 其基本思想就是基于相似序列通常具有进化相关性的这一假设。 ClustalW/X：计算过程 1. 将所有序列两两比对，计算距离矩阵； 2. 构建邻接进化树(neighbor-joining tree)/指导树(guide tree)； 3. 将距离最近的两条序列用动态规划的算法进行比对； 4. “渐进”的加上其他的序列 ClustalW的打分原则 多序列比对工具－clustalX Clustal是一个单机版的基于渐进比对的多序列比对工具，由Higgins D.G. 等开发。有应用于多种操作系统平台的版本，包括linux版，DOS版的clustlw，windows版本的clustalx等。 Clustalx的工作界面（剖面(profile)比对模式） ClustalX: 使用指南 输入/输出格式 输入序列的格式比较灵活，可以是前面介绍过的FASTA格式，还可以是PIR、SWISS-PROT、GDE、Clustal、GCG/MSF、RSF等格式。 输出格式也可以选择，有ALN、GCG、PHYLIP和NEXUS等，用户可以根据自己的需要选择合适的输出格式。 ClustalX: 使用指南 1. FASTA序列格式，多序列 导入序列文件 设定比对的一些参数 参数设定窗口 执行比对 文件导出 比对完成，选择保存结果文件的格式 在线ClustalW分析 1.EBI提供的在线clustalw服务 http://www.ebi.ac.uk/Tools/msa/clustalw2/ 2. SIB的在线clustalw服务 /software/ClustalW.html 多序列比对：结果处理 1. BioEdit, GeneDoc等软件 选择文件格式 成功导入文件 比对结果的加工 “掐头去尾”及手工修正比对 选择需要拷贝的行 File?Graphic View You can now fill in background colors for identical and similar residues Click on the boxes labeled Similar and Identical to choose background and foreground colors Check Identity/similarity shading (lower left) to have your choices take effect Other formatting choices: Position the titles left or right or truncate them using the appropriate check boxes Use the check