基于序列特征的固有无序蛋白结合位点的统计分析大学生毕业设计论文.docVIP

基于序列特征的固有无序蛋白结合位点的统计分析 xxx （物理与电子信息学院，山东德州253023） 摘 要关键词 ； 序列分析1引言 1.1固有无序蛋白质 蛋白质是构成生物体最重要的两类大分子之一，蛋白质翻译在整个生物过程中发挥着非常重要的作用。传统思想认为，蛋白质要实现生物功能，必须先折叠成一个稳定的三维结构，因此形成了蛋白质结构决定其功能的主流观点，对蛋白质科学的研究已经取得了一系列成就，创造了现代蛋白质科学的大爆炸时代[1]。然而，随着基因工程方法和实验技术的发展以及基因组计划的开展，在上个世纪90年代初人们发现有些蛋白质或蛋白质序列中的一部分区域在生理条件下不具有一个确定的三维结构，但依然能够正常行使生物学功能。后来发现，这类蛋白质越来越多，并逐渐形成了一种新的蛋白质类型，称为固有无序蛋白质[2,3,4]intrinsically disordered proteins，简称为IDPs。固有无序蛋白质的特征是整条链或链的一部分并不具有严格的三维结构，原子位置及主链二面角没有特定的平衡值而是随着时间发生很大的变化。经过十多年的研究，人们发现这类蛋白质在生物体内普遍存在而且十分丰富[5,6]，可以位于细胞的不同部位。研究还发现，真核生物体中含有的固有无序蛋白质数量远远高于古细菌和细菌中的固有无序蛋白[7,8]，即生物进化的一个重要特点是蛋白质中无序区的含量在增加。固有无序蛋白质概念的提出既是对蛋白质科学的挑战，也是科学研究的巨大机遇，为了深入认识固有无序蛋白质的性质，研究其序列特征、进化过程中结构的保守性以及功能等是十分重要的科学问题。 1.2固有无序蛋白质的生物学功能 无序蛋白质在生物体内是普遍存在的。例如利用预测算法DISOPRED2对古细菌细菌和真核生物的蛋白质组序列进行的分析表明长度大于30个氨基酸的无序区域在这三个物种中的比例分别为2.0%、4.2%和33.0%。对目前存在的大量基因库数据进行预测，分析蛋白质的结构无序与蛋白质功能之间的关联通过这种方法人们发现无序蛋白质在诸如转录和翻译调控细胞信号转导蛋白磷酸化及小分子存储等过程中发挥着重要的作用另一方面无序蛋白质又似乎给生物体系带来一些不利的影响经常与多种疾病联系在一起。与人类癌症相关的蛋白质中有79%的蛋白质无序片段在心血管疾病有关的蛋白质中无序蛋白质的含量也高达57%DisProt数据库将所有固有无序蛋白质分为大功能和1组未知功能并且将这7种功能又细分为28 种更具体的功能。按照Disprot 数据库的功能划分方法，将此数据库中所有固有无序蛋白质分为以下8组：分子伴侣、熵链、金属吸附器、位点修饰、分子组装、分子识别效应器、分子识别抗氧剂和未知功能。 1.无序蛋白质的序列 氨基酸（Amino acid）是构成蛋白质的基本单位，赋予蛋白质特定的分子结构形态，使它的分子具有生化活性。固有无序蛋白质可以指整个蛋白质在生理环境下缺乏稳定的结构，也可以指蛋白质中的一部分区域没有结构，这部分区域通常称为无序区。这类蛋白质在氨基酸序列上具有显著的特征。其中最显著的特征是它们的疏水残基含量较低同时拥有较高的未被中和的电荷因此不能形成一个稳定的疏水核心，在疏水性电荷图上无序蛋白质与有序蛋白质明显存在于不同的区域图。另外无序蛋白质氨基酸序列的复杂性也较有序蛋白质的低序列上常常出现重复的区域。Radivojac对此进行过研究得出不同的氨基酸残基也具有不同的促进无序结构形成的倾向的结论Gly、Trp、Tyr、Ile、Phe、Val、Leu、Hi、Thr、Asn比较有利于有序结构的形成Asp、Met、Lys、Arg、Ser、Glu、Pro、Gln有利于无序的形成，而其它残基的作用则比较中性。无序蛋白质的出现还与氨基酸残基的预期堆积密度（用一定距离内的近邻残基数目来表征）有关联预期堆积密度低的序列倾向于形成无序蛋白质密度高的倾向于形成淀粉状聚集结构而预期堆积密度适中的序列则倾向于形成有序球状蛋白。 1.在后基因组时代生命科学的中心任务是阐明基因组所表达的真正执行生命活动的全部蛋白质的表达规律和生物功能。蛋白质与配体相互作用以及蛋白质结构与功能之间的关系是后基因组时代研究的核心内容而蛋白质的结合位点的预测是这些研究领域的理论基础同时也是基于结构的药物设计中至关重要的步骤对计算机辅助药物设计和复合物结构预测具有重要意义也是生物信息学领域一个重要的研究热点。[10]。近年来，随着X-射线晶体衍射和核磁共振等技术的日趋完善，越来越多高分辨率的复合物三维结构被测出，这使得人们能够从原子水平上研究蛋白质与其他蛋白质、DNA和RNA相互作用的结合位点。近年来，对此领域的研究发展较快，已有大量文献利用机器学习算法，力求寻找最合适的特征参数来分析及预测蛋白质与生物大分子相互作用时序列中的结合残