肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶(yycg)的同源模建与分析.pdfVIP

生 物 工 程 学 报 Chin J Biotech 2009, February 25; 25(2): 207-214 Chinese Journal of Biotechnology ISSN 1000-3061 cjb@ © 2009 Institute of Microbiology, CAS CSM, All rights reserved 工业生物技术 肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶(YycG)的同源模 建与分析 1 2 1 1 2 2 1 1 李南 , 王非 , 胥文春 , 王虹 , 罗小民 , 朱维良 , 尹一兵 , 张雪梅 1 重庆医科大学 医学检验系临床生物化学教研室, 临床检验诊断学省部共建教育部重点实验室, 重庆 400016 2 中国科学院上海药物研究所, 上海 201203 摘 要: 对肺炎链球菌双组份系统中的组氨酸激酶YycG 进行同源模建, 并分析其与底物ADP 的相互作用, 为寻找特异 性的激酶抑制剂提供了理论依据。采用同源模建的方法构建YycG 蛋白的三维结构, 并用ProCheck 、Profile_3D 软件对 此结构模型的合理性进行验证; 用Autodock4.0 软件将结构模型与ADP 进行自动对接, 分析二者之间的相互作用。序列 比对结果显示肺炎链球菌YycG 蛋白与 Thermotoga maritima X-ray 晶体结构序列的同一性达33%; YycG 模建后的结构 与模板能很好的叠合; 在活性口袋处的保守的氨基酸残基Asn145 、Asn149 、Lys152 以及口袋内部的疏水残基在结合、 水解底物ADP 的过程中发挥重要作用。组氨酸激酶YycG 的模建合理, 该结构模型可作为设计抗菌药的研究起点。 关键词: 肺炎链球菌, 双组份系统, 组氨酸激酶, 同源模建, 分子对接 Histidine kinase (YycG) protein of Streptococcus pneumoniae : Homology modeling and analysis 1 2 1 1 2 2 1 Nan Li , Fei Wang , Wenchun Xu , Hong Wang , Xiaomin Luo , Weiliang Zhu , Yibing Yin , and Xuemei Zhang1 1 Key Laboratory of Laboratory Medical Diagnostics , Ministry of Education , Chongqing University of Medical Science, Chongqing 400016, China 2 Design Centre, State Key Laboratory of Drug Research, Shanghai Institute of Material Medica