emboss 快速指南 - cbi.pdf

EMBOSS 快速指南 http :// 本指南基于EMBOSS 2.8.0 而编写。 Rice P, Longden I, Bleasby A. 2000 （ ） “ 参考 文献 ： EMBOSS: the European Molecular Biology Open Software Suite”. Trends Genet. 2000 Jun;16(6):276-7. 简 介 欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite，EMBOSS) 一个开源的序列分析软件包，可在UNIX 系统上以命令行方式运行，目前也已经有基于 X 窗口系统和Web 的图形界面的EMBOSS。该软件包源于 1988 年开始开发的EGCG 系统， C 整合了目前可以获得的大部分序列分析软件，并有一套专门设计的 语言库函数。 安装 可从 ftp ://ftp .uk.embnet .org/pub/EMBOSS/下载最新版 EMBOS ，并参考以下网站所介绍的 http ://www .rfcgr .mrc.ac.uk/ Software/EMBOSS/download.html 方法安装： 。 用户图形界面 EMBOSS 有许多种图形界面 Jemboss 一个由EMBOSS 的基于 JAVA 的用户界面。安装 Jemboss 时应使用 EMBOSS- x.x.x/j emboss/utils 目录下的安装脚本，Jemboss 的安装介绍见： http ://www .rfcgr .mrc.ac.uk/ Software/EMBOSS/Jemboss 。 用户支持和邮件列表 邮件列表 emboss@ 可讨论使用时遇到的问题。要订阅这个列表，请发邮件到： maj ordomo@，邮件内容为：subscribe emboss. 这个邮件列表文档位于： http ://www .rfcgr .mrc.ac.uk/ Software/EMBOSS/HYPERMAIL/emboss 错误信息请发送到：emboss-bug@ 程序帮助 寻找一个程序，可以使用 EMBOSS 应用程序 wossname ，用一个关键字对所有程序的描述 进行搜索。 wossname keyword 显示在描述信息中包含该关键字的所有程序列表 wossname -alphabetic –auto 显示所有程序 programname –help 给出该程序的可用参数 tfm programname 显示该程序的文档 文档同时在线给出： http ://www .rfcgr .mrc.ac.uk/ Software/EMBOSS/Apps 序列格式 EMBOSS Word 序列储存在数据库内或 以纯文本存于文件内。 不支持 处理的文件 ！缺省 fasta ” 的序列格式 。这个格式的第一行 初始标题行包含一个 “ ，其后 序列描述的， 第二行及以后的行 序列，例如： fau Human FAU gene fragment GACCGGCCAGGAAACGGCATG 当前的EMBOSS 支持 42 种格式，包括 Clustal, EMBL, GCG, GenBank, PIR, MSF, Phylip, SwissProt, Text(raw) 。 所以程序的缺省输出可以通过环境变量的设置来改变： setenv EMBOSS_OUTFORMAT format 序列比