トランスクリプトーム解析の今昔 - iu.a.u-tokyo.ac.j.pdfVIP

トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ？ なぜRNA-Seq ？ 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 門田幸二（かどた こうじ） http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Sep 8 2011 1 Contents  トランスクリプトーム解析の概要  各手法の長所・短所  マイクロアレイ、RNA-Seq、RT-PCRやSAGE  実データの比較（RNA-Seq vs. マイクロアレイ）  RNA-Seqデータの正規化（の基礎）  マイクロアレイと異なる点（遺伝子の配列長による結果の偏り）  基本的な考え（RPKM） ねらい 各種トランスクリプトーム解析手法の長所、短所を理解し、 その上でなぜ次世代シーケンサーによるトランスクリプ トーム解析（RNA-Seq）が有用かを理解する Sep 8 2011 2 トランスクリプトームとは  ある状態のあるサンプル（例：目）のあるゲノムの領域 ヒト 遺伝子1 遺伝子2 遺伝子3 遺伝子4 遺伝子全体（ゲノム） ・どの染色体上のどの領域にどの遺伝子が あるかは調べる個体（例：ヒト）が同じなら不 変（目だろうが心臓だろうが…） AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… 転写物全体（トランスクリプトーム） ・遺伝子1は沢山転写されている（発現している） ・遺伝子4 はごくわずかしか転写されてない ・… Sep 8 2011 3 トランスクリプトームとは