トランスクリプトーム解析の今昔 - iu.a.u-tokyo.ac.j.pdfVIP

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トランスクリプトーム解析の今昔 なぜマイクロアレイ? なぜRNA-Seq ? 東京大学大学院農学生命科学研究科 アグリバイオインフォマティクス教育研究ユニット 門田幸二(かどた こうじ) http://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/ kadota@iu.a.u-tokyo.ac.jp Sep 8 2011 1 Contents  トランスクリプトーム解析の概要  各手法の長所・短所  マイクロアレイ、RNA-Seq、RT-PCRやSAGE  実データの比較(RNA-Seq vs. マイクロアレイ)  RNA-Seqデータの正規化(の基礎)  マイクロアレイと異なる点(遺伝子の配列長による結果の偏り)  基本的な考え(RPKM) ねらい 各種トランスクリプトーム解析手法の長所、短所を理解し、 その上でなぜ次世代シーケンサーによるトランスクリプ トーム解析(RNA-Seq)が有用かを理解する Sep 8 2011 2 トランスクリプトームとは  ある状態のあるサンプル(例:目)のあるゲノムの領域 ヒト 遺伝子1 遺伝子2 遺伝子3 遺伝子4 遺伝子全体(ゲノム) ・どの染色体上のどの領域にどの遺伝子が あるかは調べる個体(例:ヒト)が同じなら不 変(目だろうが心臓だろうが…) AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… AAAAAAA… 転写物全体(トランスクリプトーム) ・遺伝子1は沢山転写されている(発現している) ・遺伝子4 はごくわずかしか転写されてない ・… Sep 8 2011 3 トランスクリプトームとは

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