溶藻弧菌HY9901外膜蛋白OmpH的基因克隆及生物信息学分析.pdfVIP

生物技术通报 ·研究报告· BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年第 期 2013 4 溶藻弧菌 HY9901 外膜蛋白 OmpH 的基因克隆及其 生物信息学分析 1，2，3 1，2，3 燏1，2，3 1，2，3 2，3，4 周泽军   庞欢瑛   丁   简纪常   吴灶和 （1. 广东海洋大学 水产学院，湛江 524088 ；2. 广东省水产经济动物病原生物学及流行病学重点实验室，湛江 524088 ；3. 广东省教育厅 水产经济动物病害控制重点实验室，湛江 524088 ；4. 仲恺农业工程学院，广州 510225） 摘 要 ： 根据已发表的溶藻弧菌 （ ）全基因组序列设计1 对特异性引物，PCR 扩增溶藻弧菌HY990 1 株外 Vibrio alginolyticus 膜蛋白OmpH 的全长基因。结果显示，该基因（GenBank 登录号 ：JX855924 ）全长573 bp ，共编码 190 个氨基酸残基。根据推导 的氨基酸序列预测其分子量约为21.1 kD ，等电点为9.02 。SignalP 4.0 、TMHMM Server 2.0 和SoftBerry-Psite 预测结果显示，OmpH 不存在信号肽与跨膜区，含有1 个N-糖基化位点，6 个磷酸化位点，1 个内质网靶信号位点以及3 个微体C 末端靶信号位点。利 用MAGE5.0 软件，以邻位相连法构建OmpH 系统进化树，结果显示，溶藻弧菌OmpH 与副溶血弧菌 （ ）、哈 Vibrio parahaemolyticus 氏弧菌 （ ）等有较近亲缘关系。采用多种参数成功预测了OmpH 可能的B 细胞抗原优势表位，分别是第5-10 、106- Vibrio harveyi 110 、120-125、158-163 和175-180 区段。利用SWISS-MODEL 软件，模拟了OmpH 亚基三维结构模型，且与其同源蛋白大肠杆菌 （ ）Skp 蛋白有相似构型。 Escherichia coli 关键词 ： 溶藻弧菌 基因克隆 OmpH 基因 外膜蛋白 生物信息学分析 Molecular Cloning and Bioinformatics Analysis of Outer Membrane Protein H Gene from Vibrio alginolyticus Strain HY9901 Zhou Zejun1，2，3 Pang Huanying1，2，3 Ding Yu1，2，3 Jian Jichang1，2，3 Wu Zaohe2，3，4 （1.