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新基因的起源机制  The origin of the new genes mechanism 随着基因组数据的大量积累，人们越来越认识到不同生物在基因组大小及基因数目上存在巨大的差异。从仅含470个基因的支原体到约含3万多个基因的人类基因组，相差达数百倍；即使是果蝇等分化时间很短的近缘物种，其基因种类和数目也不尽相同。这种差异引出一个根本性的生物学问题： 基因是怎样产生的？ 什么是新基因？ 为什么要研究新基因的起源机制？ 怎样研究新基因的起源机制？ 新基因的起源机制有哪些？ 新基因的起源机制研究进展怎样？ 新基因的定义 新基因是相对于古老基因而言的，新基因产生时间短，进化历史也短，但它保留了大量进化过程中的重要信息，如基因结构，序列信息等。 然而由于基因组中的大多数基因产生太早，在漫长的进化时间中积累的大量突变早已湮没了大部分重要的进化信息，无论是基因最初产生的分子机制或是随后在群体中扩散并最终固定下来的群体动力学过程，都已无法直接观察和检测。 20世纪90年代以前，有关这一问题的探讨基本上是设想性或理论性的。人们迫切需要能够获得一些年轻的新基因起源的实例，使人们能够以实验的手段近距离观察并阐明新基因起源的分子机制和进化的动力学过程。 新基因的发现 1993年，华裔学者龙漫远在果蝇中发现了第一个年轻的基因—Jingwei基因（约2.5 My），才使以实证方法研究新基因起源的分子机制成为可能，对新基因发生的研究掀开了新的一页。近年来，又有大约20来个新基因被报道，包括司芬克斯（sphinx）基因和猴王基因等。 精卫基因 (Jingwei) 通过对黑腹果蝇近缘物种新基因的筛选和分析， 1993年，华裔学者龙漫远发现了第一个年轻的基因。他根据我国远古精卫溺死而又重生的故事，把这一基因称为“精卫”基因（jingwei）。 精卫填海 又北二百里，曰发鸠之山，其上多柘木。有鸟焉,?其状如乌；文首、白喙、赤足，名曰精卫。是炎帝之少女名曰女娃，女娃游于东海，溺而不返，故为精卫。常衔西山之木石，以堙于东海。 ??——《山海经?·北山经》 研究新基因起源机制的方法 研究一个新基因的起源的两个步骤 首先，我们要知道一个新的基因结构在自然界的某一生物个体产生的突变步骤。 其次，我们需要知道这一单一个体的新基因扩散到一个物种所有个体的固定过程。 新基因的起源机制 外显子重排 基因复制 逆转座 可移动元件 基因水平转移 基因融合/分裂 从头起源 混合机制 ①外显子重排（exon shuffling） 外显子重排是指由来自不同基因的2个或多个外显子相互接合，或基因内部的外显子产生重复而形成新的基因结构。 20世纪70年代，在真核生物中发现断裂基因后，Gilbert提出，通过内含子介导的重组，不同基因的外显子可发生互换，使得原基因结构发生变化，可能产生新的基因。 目前已知两种外显子重排：异常重组和逆转座子介导的外显子插入。此外，相邻基因间序列的缺失产生的基因融合也可造成外显子重排。 ②基因重复（Gene duplication） 基因重复是人们最早认识到的新基因产生机制。 这个经典的机制认为，通过重复产生的冗余拷贝，由于不受或很少受到选择压力，不断积累各种突变，最终可能与原基因产生分化，形成具有新生物学功能的基因，而祖先拷贝仍保持原来的功能。现在科学家已经确认，基因重复是新基因产生的重要来源之一。?? 许多新的基因功能都是通过基因复制进化来的，而且对不同种生物的发育程序的进化起了巨大的作用。同样，在染色体片断和基因组水平的复制对人类的新功能的产生和进化也起了重要的作用。 根据重复区域的大小，基因重复可分为单个基因重复、部分基因组重复(segmental duplication)和整个基因组重复(genome duplication)即多倍体化。单个基因和部分基因组的重复主要通过不等交换产生，而基因组重复是有丝分裂或减数分裂过程中发生错误产生的。 ③逆转座（Retroposition） 逆转座是指转录产生的RNA通过逆转录合成cDNA插入到基因组的过程。 由于通过逆转座产生的新拷贝一般不含启动子和调控序列，使得大部分产生的序列成为假基因。然而，在特殊情况下，逆转座序列通过原基因不正常转录携带有启动子，或者插入到基因组后获得外源调控序列而具有表达活性，进而可形成新的表达特异性或新的功能。 所以一个有功能的逆转录转座基因呈现出一种嵌合结构－逆转录转座的编码区域和一个新的5’端调控序列。或是逆转录转座的编码区域和一个从整合靶位点附近招募的新的基因片断－这会导致新的嵌合机制具有和亲代基因不同的生物学功能。 ④可移动元件