6 蛋白组相关数据库及使用.pptVIP

9、BODYMAP (http://bodymap.ims.u-tokyo.ac.jp/） 是关于人和老鼠基因表达信息的数据库，基因表达数据来自于不同组织、不同细胞以及不同时刻。这里的基因表达数据实际上是3’端的EST。 通过分析这些数据，用户可以初步掌握基因活性，了解组织中mRNA的组成，研究基因表达规律,发现新的基因 。 10、PROSITE PROSITE ( http://www.expasy.ch/prosite/)是蛋白质家族和结构域数据库，包含具有生物学意义的位点、模式、可帮助识别蛋白质家族的统计特征。 PROSITE中涉及的序列模式包括酶的催化位点、配体结合位点、与金属离子结合的残基、二硫键的半胱氨酸、与小分子或其它蛋白质结合的区域等。 PROSITE还包括根据多序列比对而构建的序列统计特征，能更敏感地发现一个序列是否具有相应的特征。 11、DBCat DBCat是生物信息数据库的目录数据库，它收集了500多个生物信息学数据库的信息，并根据它们的应用领域进行了分类 DNA RNA 蛋白质 基因组 图谱 蛋白质结构 文献著作等基本类型， （biogen.fr/services/dbcat/） DBCat中分类数据库个数 数据对象 数据库个数 DNA 87 RNA 29 Protein 94 Genomic 58 Mapping 29 Protein stru