奈良女子大集中講義 - kyoto university bioinformatics.pptVIP

奈良女子大集中講義バイオインフォマティクス (7)進化系統樹 阿久津　達也 京都大学　化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 講義予定 9月5日 分子生物学概観 分子生物学データベース 配列アラインメント 実習１（データベース検索と配列アラインメント） 9月6日 モチーフ発見 隠れマルコフモデル カーネル法 進化系統樹推定 9月7日 タンパク質立体構造予測 相互作用推定 スケールフリーネットワーク 実習２（構造予測） 進化系統樹推定 系統樹の個数 距離行列法 UPGMA法 近隣結合法 最節約法 進化の確率モデル 最尤法 進化系統樹 種間（もしくは遺伝子間）の進化の関係を表す木 以前は形態的特徴をもとに構成 現在は配列情報をもとに構成 （イメージ図：　実際の進化とは直接、関係無い） 有根系統樹と無根系統樹 節点（頂点）：　木の葉、もしくは、枝分かれ部分 枝（辺）：　種の親子関係を表す 枝長：　進化に要した時間に対応 葉：　現在の種に相当する節点 根：　進化の起点にあたる節点 有根系統樹（根つき木）：　根のある系統樹（下図の左） 無根系統樹（根なし木）：　根のない系統樹（下図の右） 系統樹の同型性 同型な系統樹：本質的に同じつながり方（グラフとして同型）をした系統樹 (a)と(b)：同型 　　(a)と(c)：非同型 (d)と(e)：同型 　　(d)と(f)：非同型 系統樹の