QTL定位方法和其在番茄品质性状研究中的应用.docVIP

QTL 定位方法及其在番茄品质性状研究中的应用 番茄 Lycopersicon esculentum Mill 是一种世界性的重要作物 据联合国粮农组织统计, 2005 年全世界番茄栽培面积为 455.1 万 hm2总产量达12 501.6 万 t 我国的栽培面积为 130.5 万 hm2占世界总面积的 28.7% 总产量为 3 164.4 万 t 占世界总产量的 25.3%[1] 与此同时 番茄育种也获得了显著的发展 在抗病 抗逆和品质育种等方面 从理论到实践都取得了很大进展 这一方面是因为番茄作为一种重要的蔬菜作物一直是蔬菜育种的重点研究对象 另一方面是由于番茄作为一种模式植物 在生理生化 遗传及分子生物学方面得到了比其他蔬菜作物更广泛 更深入 更系统的研究 特别是随着分子标记技术的迅速发展和完整的遗传连锁图谱的建立 人们能够将数量性状分解成易为遗传育种工作者操作的单个位点即 QTL quantitativetrait loci 进行研究 现从番茄品质育种应用的角度 就 QTL 定位方法及其在番茄品质育种中的应用作简要概述 1 QTL 定位的主要方法 QTL 定位是通过分析整个染色体组的 DNA 标记和数量性状表型值的关系 将 QTL 逐一定位到连锁群体的相应位置 并估计其遗传效应 一般步骤包括 选择具有相对性状的纯系进行杂交 获得适宜的作图群体 构建遗传连锁图谱 检测分离世代群体中每一个体的标记基因型和数量性状值 分析标记基因型和数量性状值的相互关联 确定 QTL 在染色体上的相对位置 估计 QTL 的有关遗传参数。在 QTL 定位研究时 首先要建立作图群体 要选择目标性状表现差异大和亲缘关系较远的材料作亲本 以保障目标性状在遗传群体中分离明显其次要建立高密度的连锁图 标记间平均距离小于15 20 cm 最后要选择适宜的统计分析方法利用分子标记正确进行 QTL 定位及其效应的估计 主要依赖于 QTL 定位的统计模型和分析方法 20 世纪 80 年代以来 先后发展了 20 多种 QTL定位的统计方法 应用比较广泛的有以下几种 1.1 单标记分析法 单标记分析法是最简单的分析标记与性状关联的方法 它利用每个标记位点不同基因型间的性状均值差异 以传统的单因素方差分析法测验被研究的数量性状在标记基因型间的差异显著性 如果差异显著 说明控制该数量性状的 QTL 与标记有连锁 对于一个作图群体而言 任意标记都具有 3种基因型 F2 群体 或 2 种基因型 回交群体 重组自交系 双单倍体系 分析每一基因型个体的数量性状均值的差异 进行 F 测验 当 F 测验显著时 则表明该标记位点可能与一个或多个 QTL 连锁单标记分析法简便 直观 适应性强 早期的QTL 定位研究多采用此法 比如 在 1991 年Tanksley[2]就通过单标记分析法对番茄杂交后代中受环境因素影响的数量性状进行了分析 国艳梅等运用 SSR 等分子标记方法通过单标记分析法对位于第 4 条染色体上的控制番茄果实颜色性状的 12 个 QTL 进行了定位[1] 1.2 区间作图法 由于单标记分析法存在不能确切估计 QTL 的可能位置和容易出现假阳性等问题 1989 年 Lander 和 Botstein 首次提出了基于两个标记的区间作图方法[3]其主要贡献是建立了 QTL 定位的基本框架 使得能够在整个基因组上搜索 QTL 的位置 区间作图法是以一元回归模型和正态分布的极大似然函数为基础 借助于完整的分子标记连锁图谱来计算基因组的任一相邻标记之间是否存在 QTL 的似然函数比值的对数 LOD 值 根据染色体上各点的 LOD 值可以描绘出一个 QTL 在该染色体上存在与否的似然图谱 当 LOD 值超过某一给定的临界值时 即表明存在一个 QTL 其置信区间为对应于峰两侧各下降 1 个 LOD 值的图谱区间1992 年 Haley [4]和 Martinez 等[5]对 Lander 和Botstein 提出的区间作图法作了一些改进 提出了区间作图的回归分析方法 回归分析法同 Lander和 Botstein 的极大似然作图法相比 两者的结果相似 但回归分析法的计算量大大减少 因而由 Haley等提出的区间作图的回归分析法一度成为研究QTL 定位的标准方法而被广泛接受 如刘杨等利用区间作图法在番茄的第 5 条染色体上检测到 1 个与始花节位有关的 QTL[6]安静等利用区间作图法在辣椒的第 4 条染色体上检测到 2 个与抗疫病有关的 QTL[7]但区间作图法也存在一些不足 如 一次只能使用两个标记进行检验 不能充分利用其他分子标记信息 当一条染色体上存在多个 QTL 时其定位结果将会有偏差等 1.3 复合区间作图法 针对区间作图法存在的问题 Zeng 等[8]提出了把多元线性回